工厂员工被扣50分，具体处理方式需结合工厂规章制度、劳动合同及法律法规综合判断，以下分情况说明：

1. 若工厂规章制度合法且员工已知情
   若工厂的《员工手册》或相关制度中明确规定了扣分规则（如迟到、旷工、违规操作等对应扣分标准），且该制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）、已向员工公示或送达（如签字确认、培训记录），则工厂扣分行为可能具有合法性。此时需进一步核查：

   • 扣分是否与制度条款完全对应（如制度规定“旷工1天扣10分”，实际扣50分是否合理）；
     
   • 扣分是否与员工行为严重程度匹配（如轻微失误扣50分可能显失公平）；
     
   • 扣分是否影响员工实质权益（如扣分与绩效奖金、晋升、解除合同挂钩时，需符合“过罚相当”原则）。
     建议：员工可要求工厂出具扣分依据及制度条款，若认为扣分不合理，可先与工会或上级沟通协商；若制度违法或扣分过度，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 若工厂规章制度违法或未公示
   若工厂未制定合法有效的规章制度，或制度未向员工公示（如未签字、未培训），则扣分行为缺乏法律依据，属于违法扣分。根据《劳动合同法》第4条，用人单位制定规章制度需经民主程序并公示，否则不得作为管理依据。
   建议：员工可明确拒绝违法扣分，并要求工厂撤销扣分决定；若工厂以此为由扣减工资或解除合同，员工可主张工厂违法，要求赔偿工资损失或继续履行合同。

3. 若扣分与工资、解除合同直接关联

   • 扣减工资：根据《工资支付暂行规定》第16条，工厂仅可因员工给工厂造成经济损失时扣减工资，且每月扣减不得超过工资的20%。若扣分直接对应扣减工资（如扣1分=扣10元），且未满足上述条件，则属于违法克扣工资。
     
   • 解除合同：若工厂规定“扣满50分解除合同”，需核查该条款是否合法（如是否属于“严重违反规章制度”）。根据《劳动合同法》第39条，工厂需证明员工行为达到“严重”程度（如多次违规、造成重大损失），否则解除合同可能被认定为违法。
     建议：员工可要求工厂出具解除合同的书面依据及制度条款，若认为解除违法，可申请劳动仲裁要求继续履行合同或支付赔偿金（2N倍工资）。

总结：员工被扣50分后，首先需核查工厂制度是否合法公示、扣分是否合理、是否影响实质权益；若制度违法或扣分过度，可通过协商、投诉或仲裁维权。具体操作中，建议员工保留扣分通知、制度文本、工资条等证据，以便后续主张权利。如有疑问，可直接向我咨询细节。