市政府批复将集体土地转让给企业是否合法，需分情况讨论：
若集体土地为经营性建设用地，且符合法定程序与条件：
- 根据《土地管理法》的相关规定，集体经营性建设用地在符合规划、依法登记，并经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表同意的条件下，可以通过出让、出租等方式交由单位或者个人使用。在此情况下，若市政府批复是基于上述法定程序和条件作出的，那么该批复是合法的。
若集体土地为非经营性建设用地，或不符合法定程序与条件：
- 对于非经营性建设用地，如宅基地、公益性用地等，通常不允许直接转让给企业用于非农业建设。此外，即使土地为经营性建设用地，若未经法定程序（如未经过村民会议或村民代表会议同意、未依法登记等）或不符合相关条件（如不符合规划要求）就进行转让，那么市政府的批复将可能因违法而无效。
法律背景与建议：
- 法律背景：集体土地的转让受到严格的法律限制，旨在保护农民的土地权益和农村社会的稳定。因此，任何涉及集体土地转让的行为都必须严格遵守相关法律法规的规定。
- 建议：
- 对于企业而言，在寻求集体土地用于建设或经营时，应首先确认土地的性质和用途，并了解相关的法律法规和政策要求。
- 对于市政府而言，在作出批复前应严格审查土地转让的合法性和合规性，确保批复行为符合法律法规的规定。
- 若对市政府的批复行为存在疑问或争议，相关当事人可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 若市政府的批复行为违法，那么该批复可能被撤销或确认无效，相关土地转让行为也可能因此被认定为无效。
- 违法转让集体土地的行为还可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。在严重情况下，相关责任人还可能承担刑事责任。
如有任何进一步的问题或需要更详细的法律解释，请直接向我咨询。