结论：甲方未经乙方认可擅自发放农民工工资，其效力需分情况讨论，不一定完全无效，但可能存在法律风险。

详细分析：

1. 合同约定优先原则：

   • 如果甲方与乙方（可能是承包商或劳务公司）之间的合同中明确约定了工资的发放方式、时间、审批流程等，且特别指出必须经乙方认可后甲方才能发放工资，那么甲方擅自发放工资的行为就违反了合同约定。
   • 在这种情况下，乙方有权依据合同条款向甲方提出异议，并可能要求甲方承担违约责任，如赔偿因此造成的损失等。

2. 法律保护农民工权益的原则：

   • 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，农民工有权按时足额获得工资，且工资应当直接支付给农民工本人，不得以实物或者有价证券等其他形式替代。
   • 如果甲方擅自发放工资的行为实际上是为了保障农民工能够及时获得工资，且发放的金额、方式等均符合法律法规的规定，那么这种行为在目的上是正当的，可能不会被认定为完全无效。
   • 但是，如果甲方在发放过程中存在违法行为，如克扣、拖欠工资，或者未按照规定的方式、时间发放工资等，那么甲方仍然需要承担相应的法律责任。

3. 实际操作中的风险：

   • 甲方擅自发放工资可能导致乙方对农民工工资支付情况失去控制，增加乙方管理成本和风险。
   • 如果甲方发放的工资与乙方实际应支付的工资存在差异，可能引发农民工与乙方之间的纠纷，影响乙方的声誉和业务开展。
   • 此外，甲方擅自发放工资还可能涉及税务、财务等方面的合规问题，需要甲方谨慎处理。

法律建议：

• 对于甲方：在发放农民工工资前，应尽可能与乙方进行沟通协商，确保发放行为符合合同约定和法律法规的规定。如果确实需要擅自发放工资，应确保发放行为的目的正当、方式合法，并保留好相关证据以备不时之需。
• 对于乙方：应加强对农民工工资支付情况的管理和监督，确保工资能够按时足额发放给农民工。如果发现甲方擅自发放工资的行为存在违法违规情况，应及时向相关部门举报并寻求法律援助。

可能后果：

• 如果甲方擅自发放工资的行为被认定为违反合同约定或法律法规的规定，甲方可能需要承担违约责任、赔偿责任等法律后果。
• 同时，这种行为也可能影响甲方的商业信誉和业务开展，需要甲方谨慎对待。

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