农民工自愿签署的工资分批发放协议，在符合法律规定且不存在无效情形时，是有效的。以下从多个角度进行分析：

协议有效的法律基础

1. 意思自治原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权根据自己的意愿设立、变更、终止民事法律关系。农民工与用人单位在平等、自愿的基础上签署工资分批发放协议，体现了双方的意思自治，是合法有效的。

2. 合同成立与生效要件：

   • 协议的成立需要双方意思表示一致，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。只要农民工签署的工资分批发放协议满足这些条件，即具有法律效力。

协议可能无效的情形

尽管农民工自愿签署的工资分批发放协议在一般情况下是有效的，但也存在一些可能导致协议无效的情形：

1. 违反法律强制性规定：

   • 如果协议中的分批发放方式违反了《中华人民共和国劳动法》或《中华人民共和国劳动合同法》中关于工资支付的规定，如未按照约定时间支付工资、拖欠工资等，则该协议可能因违法而无效。

2. 存在欺诈、胁迫等情形：

   • 如果农民工是在被欺诈、胁迫或乘人之危的情况下签署的协议，那么该协议可能因缺乏真实意思表示而被认定为无效。

3. 显失公平：

   • 如果协议中的分批发放方式对农民工明显不公平，如发放周期过长、发放金额过少等，且农民工在签署时未充分了解或无法预见这种不公平性，那么该协议可能因显失公平而被撤销。

法律建议

1. 审查协议内容：

   • 农民工在签署工资分批发放协议前，应仔细审查协议内容，确保协议中的分批发放方式符合法律规定，且不会对自己造成不公平的影响。

2. 保留证据：

   • 农民工应保留好与用人单位签署的协议原件及相关证据，如工资条、银行转账记录等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。

3. 及时维权：

   • 如果农民工发现用人单位未按照协议约定支付工资或存在其他违法行为，应及时向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。

总结来说，农民工自愿签署的工资分批发放协议在符合法律规定且不存在无效情形时是有效的。但农民工在签署前应仔细审查协议内容，保留好相关证据，并在发现用人单位违法行为时及时维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。