农民工付款协议经劳动局备案或见证后，具有更强的法律效力，但协议本身的合法性不取决于是否经过劳动局。具体分析如下：

1. 协议本身的法律效力
   农民工与用人单位签订的付款协议（如工资支付协议），只要双方意思表示真实、内容不违反法律强制性规定（如最低工资标准、支付周期等），自签订之日起即具有法律效力。劳动局是否参与不影响协议本身的效力，但备案或见证可增强其证明力。

2. 劳动局备案或见证的作用

   • 行政确认：若协议在劳动局备案，可视为行政机关对协议内容的初步审查，后续若发生纠纷，备案记录可作为证据使用。
     
   • 调解辅助：劳动局可能参与协议签订过程，提供格式文本或指导条款，减少争议风险。
     
   • 执行保障：部分地区劳动局会联合法院对备案协议开通“绿色通道”，加速欠薪案件处理。

3. 协议无效的情形
   即使经过劳动局，若协议存在以下情形仍可能被认定无效：

   • 胁迫、欺诈签订；
     
   • 免除用人单位法定责任（如不缴社保）；
     
   • 违反法律强制性规定（如工资低于当地最低标准）。

建议：

• 签订协议时明确工资金额、支付时间、违约责任等条款；
  
• 尽量要求劳动局备案或见证，并保留协议原件；
  
• 若用人单位拒不履行，可凭协议向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
  

如有具体协议条款需要审查，可直接向我提供内容进一步分析。