公司制度若违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，则该制度无效，这主要依据的是《中华人民共和国民法典》的相关规定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律依据角度：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条：“具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。” 公司制度，作为公司内部的一种民事法律行为（或更准确地说，是公司内部管理规则的一种体现，但其制定和执行需遵循法律原则），若违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，则自然无效。
   • 特别地，如果公司制度涉及劳动合同、劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等劳动法律关系的内容，还需遵循《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。这些法律对劳动合同的订立、履行、变更、解除和终止等都有明确规定，公司制度若与之相悖，同样无效。

2. 制度内容角度：

   • 公司制度的内容必须合法，不得含有侵犯员工合法权益、违反社会公德或公序良俗的条款。例如，制度中不得规定歧视性条款、非法搜查员工身体或物品、非法限制员工人身自由等。
   • 若公司制度中存在违法内容，不仅该部分内容无效，而且可能影响整个制度的效力。因为制度的整体性和一致性是其有效性的重要基础。

3. 实践应用角度：

   • 在实践中，如果员工认为公司制度违法或无效，可以通过劳动争议仲裁或诉讼等途径寻求救济。仲裁机构或法院在审理此类案件时，会依据相关法律法规对制度的合法性进行审查。
   • 若制度确实违法或无效，仲裁机构或法院会作出相应裁决，要求公司修改或废除该制度，并可能对公司进行相应的处罚。

建议：

• 公司在制定制度时，应严格遵守法律法规的规定，确保制度的合法性和有效性。
• 定期对制度进行审查和更新，以适应法律法规的变化和公司发展的需要。
• 若员工对制度有疑问或认为制度违法，公司应积极与员工沟通解释，必要时可寻求法律专业人士的帮助。

如有任何与公司法务相关的疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。