公司制度制定不健全，可能违反的法律主要包括《中华人民共和国公司法》以及相关的劳动法律法规，具体取决于制度不健全所涉及的具体内容和后果。以下是从不同角度进行的详细分析：

1. 违反《中华人民共和国公司法》的相关规定

   • 公司治理结构不完善：如果公司制度不健全体现在公司治理结构上，比如未设立或未有效执行股东会、董事会、监事会的议事规则和决策程序，可能违反《公司法》中关于公司治理结构的规定。例如，《公司法》第四十六条规定了董事会的职权，如果公司制度中未明确董事会的决策程序或未赋予董事会相应的职权，就可能构成违法。
   • 内部管理混乱：公司制度不健全还可能导致内部管理混乱，如财务管理制度缺失、合同管理制度不完善等。这些虽然不直接由《公司法》明确规定，但《公司法》要求公司建立完善的内部管理制度，以确保公司运营的合规性和效率。如果因制度不健全导致公司运营出现问题，如资金挪用、合同欺诈等，公司及其相关责任人员可能需要承担法律责任。

2. 违反劳动法律法规

   • 员工权益保护不足：公司制度不健全可能体现在对员工权益的保护上，如未制定合理的薪酬制度、未建立有效的劳动保护机制等。这些可能违反《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等劳动法律法规。例如，《劳动法》第四十四条规定了加班工资的支付标准，如果公司制度中未明确加班工资的计算和支付方式，就可能侵犯员工的合法权益。
   • 劳动争议处理机制缺失：公司制度不健全还可能导致劳动争议处理机制的缺失，如未建立劳动争议调解委员会或未制定劳动争议处理流程。这可能导致劳动争议无法得到及时、有效的解决，进而违反劳动法律法规中关于劳动争议处理的规定。

3. 可能的法律后果

   • 行政处罚：如果公司制度不健全违反了相关法律法规，公司可能面临行政处罚，如罚款、责令改正等。
   • 民事责任：因制度不健全导致公司或员工遭受损失的，相关责任人员可能需要承担民事责任，如赔偿损失等。
   • 刑事责任：在极端情况下，如果公司制度不健全导致严重违法行为的发生，如财务造假、合同诈骗等，相关责任人员可能需要承担刑事责任。

建议：

• 公司应定期对内部制度进行审查和更新，确保制度的健全性和有效性。
• 在制定或修改公司制度时，应充分考虑相关法律法规的要求，避免违法风险。
• 如果公司制度存在不健全的情况，应及时进行整改，并咨询专业律师的意见，以确保整改的合法性和有效性。

有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的法律建议。