已经发了证的土地纠纷，通常可以通过以下几种方式处理，具体取决于纠纷的性质和具体情况：
协商解决：
- 双方可以尝试通过友好协商的方式解决纠纷。这通常是最快捷、成本最低的方式，有助于维护双方的关系。
- 在协商过程中，可以明确各自的权利和义务，寻求双方都能接受的解决方案。
行政调解：
- 如果协商无果，可以向当地的土地管理部门或相关行政机构申请调解。
- 行政调解具有权威性和专业性，能够依据相关法律法规和政策，为双方提供公正的调解意见。
法律诉讼：
- 如果行政调解也无法解决纠纷，或者双方不愿意接受调解，那么可以向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，法院将依据事实和法律，对纠纷进行审理，并作出具有法律效力的判决。
- 诉讼虽然成本较高、时间较长，但具有强制执行力，能够确保判决得到有效执行。
仲裁解决：
- 如果双方在合同中约定了仲裁条款，或者事后达成了仲裁协议，那么可以选择通过仲裁方式解决纠纷。
- 仲裁具有高效、灵活、保密等特点，仲裁裁决同样具有法律效力，且执行力度较强。
在处理已经发了证的土地纠纷时，还需要注意以下几点：
- 收集证据：无论是协商、调解、诉讼还是仲裁，都需要有充分的证据来支持自己的主张。因此，在处理纠纷前，应尽可能收集与纠纷相关的证据，如土地证、合同、协议、照片、视频等。
- 了解法律法规：在处理土地纠纷时，应了解相关的法律法规和政策，以便更好地维护自己的权益。如果对法律法规不熟悉，可以咨询专业律师或相关机构。
- 保持冷静和理性：在处理纠纷时，应保持冷静和理性，避免情绪化行为。通过合法途径解决问题，是维护自己权益的最佳方式。
在处理这类纠纷时，如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。