结论：是否需要按合同约定开全款发票，需结合合同条款、实际履行情况及法律规定综合判断，具体分以下两种情况分析：

1. 若合同明确约定“以实际收款金额开具发票”
   根据《民法典》第465条（合同相对性原则），若合同中明确约定“工程款支付与发票开具金额一致”或“按实际收款金额开具发票”，则您无需开具全款发票。此时，发票金额应与甲方已支付的款项对应，未支付部分可待实际收款后再开具。
   建议：立即核查合同条款，若存在此类约定，可书面回复甲方“根据合同第X条，发票金额以实际收款为准，目前仅能开具已收款项对应的发票”。

2. 若合同未明确约定或约定“按工程总价开具发票”
   此时需分两步处理：

   • 法律义务层面：根据《发票管理办法》第19条，销售方（您）有义务在“收取款项时”开具发票。若甲方未支付全款，但合同未限制发票开具时间，您仍需按工程总价开具发票，但可备注“未收款部分待实际支付后生效”或通过补充协议约定分期开具。
     
   • 风险防范层面：若强行要求开具全款发票，可能面临以下风险：
     
     • 甲方以“已取得全额发票”为由抗辩，拒绝支付剩余款项；
       
     • 税务机关可能认为您存在“虚开发票”行为（若发票金额与实际收款严重不符）。
       建议：
       
     • 优先与甲方协商，签订补充协议明确“发票分阶段开具，未付款部分暂不开具”；
       
     • 若协商无果，可书面告知甲方“根据交易习惯及公平原则，发票开具应与付款进度同步，待剩余款项支付后立即补开”。

额外提醒：

• 若甲方已支付部分款项但拒绝接收对应发票，您仍需按实际收款金额开具并留存送达证据（如邮寄凭证、签收记录），避免被认定为“未履行开票义务”。
  
• 若涉及增值税专用发票，需特别注意《增值税暂行条例》第21条关于“三流一致”（资金流、货物流、发票流）的要求，防止因发票与实际交易不符导致进项税无法抵扣。

如有合同条款或具体情节需要进一步分析，可直接提供细节，我会为您梳理风险点并制定应对方案。