公司不能以不合理的体检问题或存在就业歧视的体检问题拒绝员工入职。具体来说，我们可以从以下几个角度来详细分析：
一、合法拒绝入职的情形
岗位健康要求的合理性：
- 如果公司岗位有明确且合理的健康要求，例如某些特殊行业（如食品加工、医疗卫生等）对员工的健康状况有严格要求，这些要求通常与岗位的工作性质、工作环境或工作安全直接相关。在此情况下，若求职者的体检结果不符合这些要求，公司有权拒绝其入职。但关键在于，这些健康要求必须合理且与岗位直接相关，不能是随意设定的。
提前告知义务：
- 公司应在招聘过程中明确告知求职者岗位的健康要求，这是公司的法定义务。如果公司在招聘时未提及健康要求，而在求职者通过面试等环节后以体检不合格为由拒绝入职，这种行为可能构成违法，因为求职者基于对公司招聘流程的信任投入了时间和精力，且未得到充分的知情权。
二、违法拒绝入职的情形
就业歧视：
- 公司不得以不合理的健康指标为由拒绝求职者，否则构成就业歧视。例如，仅因求职者是乙肝病毒携带者、艾滋病病毒感染者或残疾人等，而拒绝其入职，这些行为都违反了相关法律规定。用人单位在招聘过程中，应平等对待所有求职者，不得因健康状况而歧视任何人。
未明确告知或违反公平原则：
- 若公司未在招聘时明确告知健康要求，或在处理求职者体检结果时存在不公平现象（如故意提高体检标准、对特定求职者进行不公正的体检等），均可能构成违法拒绝入职。这些行为都损害了求职者的合法权益，违反了公平、公正的原则。
三、求职者的应对措施
沟通了解：
- 如果求职者被公司以体检问题拒绝入职，首先应与公司进行沟通，了解其拒绝的具体原因和依据。这有助于求职者判断公司的行为是否合法，并为后续的维权行动提供依据。
法律途径维权：
- 若沟通无果，求职者可以向劳动监察部门投诉，或者准备好相关证据（如招聘公告、面试通知、体检报告等）申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在维权过程中，求职者应保留好所有相关证据，以便在需要时提供证明。
举例说明：假设某公司招聘一名食品加工工人，要求求职者必须身体健康，无传染病。在招聘过程中，公司明确告知了这一健康要求。如果一名求职者的体检结果显示其患有痢疾等传染病，那么公司拒绝其入职是合法的。但如果公司仅因求职者是乙肝病毒携带者而拒绝其入职，且未在招聘时明确告知这一要求，那么这种行为就可能构成违法拒绝入职。
总之，公司在以体检问题拒绝员工入职时，必须确保其健康要求合理、与岗位直接相关，并提前告知求职者。如果求职者认为公司的行为违法或存在就业歧视，可以通过沟通、投诉或劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。