银行扣着整个单位工资一般是不合法的，但具体还需根据实际情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、银行无权擅自扣留工资
工资支付义务：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位有义务按时足额支付劳动者的工资，而银行作为支付机构，其角色是协助用人单位完成工资支付，而非擅自扣留。
银行权限限制：银行在处理工资支付时，必须遵循与用人单位之间的协议以及相关法律法规的规定。除非有法律明确规定或法院裁定，否则银行无权擅自扣留或冻结劳动者的工资。
二、可能存在的合法扣留情形
尽管银行一般无权擅自扣留工资，但在某些特定情况下，扣留工资可能是合法的。这些情况通常涉及法律程序或特定授权，例如：
法院裁定：如果用人单位因涉及法律纠纷而被法院裁定冻结资产，包括工资账户，那么银行可能会根据法院的裁定扣留工资。但这种情况下，扣留是依据法院的裁定进行的，而非银行自行决定。
税务或社保部门要求：在极少数情况下，如果用人单位存在严重的税务或社保违规行为，税务或社保部门可能会要求银行协助扣留工资以用于补缴税款或社保费用。但这种情况也必须有明确的法律依据和程序要求。
劳动者同意：如果劳动者与用人单位或银行之间存在特定的协议，允许在特定条件下扣留工资（如用于偿还个人债务等），并且这种协议是合法有效的，那么扣留工资也可能是合法的。但这种情况需要劳动者的明确同意，并且必须符合相关法律法规的规定。
三、应对措施与建议
核实扣留原因：如果发现银行扣留了整个单位的工资，首先应当核实扣留的具体原因。与用人单位和银行进行沟通，了解扣留的依据和程序是否合法合规。
寻求法律援助：如果认为扣留工资的行为不合法或存在争议，可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助，维护劳动者的合法权益。
向相关部门投诉：如果确认扣留工资的行为违法或不当，可以向劳动监察部门、银保监会等相关部门进行投诉和举报。这些部门有权对违法行为进行调查和处理，保护劳动者的合法权益。
总结来说，银行扣着整个单位工资一般是不合法的，但具体还需根据实际情况来判断。如果遇到此类情况，建议及时核实原因并寻求法律援助或向相关部门投诉。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。