在处理与有基础病员工签订劳动合同的问题时，用人单位需要细致且谨慎地操作，以确保合同的合法性和有效性，同时保障双方的合法权益。以下是一份详细且有条理的指导建议：
一、法律原则遵循
平等就业原则：
- 根据《中华人民共和国就业促进法》等相关法律法规，用人单位不得因员工患有基础病而歧视或拒绝签订劳动合同。应秉持平等、公正的态度对待每一位应聘者。
告知义务与诚信原则：
- 员工在签订劳动合同时，应如实告知自己的健康状况，特别是可能影响工作的基础病情况。这是诚信原则的要求，也是避免未来合同纠纷的关键。
- 用人单位也有权了解员工的健康状况，但应通过合法途径进行，并尊重员工的隐私权。
医疗期保护：
- 员工在医疗期内享有特殊的保护，用人单位不得随意解除劳动合同或进行经济性裁员。应明确医疗期的期限和待遇，确保员工在患病期间得到必要的保障。
二、合同签订要点
协商一致原则：
- 劳动合同的签订应基于双方充分协商和一致同意。用人单位应与员工就工作内容、工作时间、劳动报酬、社会保险等条款进行充分沟通，确保合同内容真实、合法、有效。
特殊条款明确：
- 对于患有基础病的员工，合同中应特别注明医疗期、医疗待遇、请假制度、工作岗位调整等特殊条款。这些条款应具体、明确，以便在未来执行过程中有据可依。
- 例如，可以约定医疗期的具体期限、医疗期间的工资待遇、请假流程和审批权限等。
隐私保护措施：
- 在签订合同过程中，用人单位应严格保护员工的隐私，不得泄露其病情信息。这不仅是法律要求，也是维护员工尊严和权益的重要体现。
三、特殊情形处理
一般疾病处理：
- 如果员工的基础病不影响其正常工作，可以遵循常规合同签订流程。但可以根据需要协商一些特殊条款，如更加灵活的请假制度等，以适应员工的健康状况。
重大疾病处理：
- 对于患有重大疾病或可能影响工作的员工，用人单位应首先进行劳动能力鉴定，评估疾病对工作的影响程度。
- 根据鉴定结果，可以调整工作岗位或工作安排，以确保员工能够在不损害健康的前提下继续工作。
- 同时，应明确医疗期及待遇，约定合同解除条件，以避免未来可能出现的纠纷。
职业病处理：
- 如果员工的基础病与职业有关，用人单位应及时安排职业病诊断，确保员工得到专业治疗。
- 应如实告知劳动过程中的职业危害，依法参加工伤保险，为员工提供必要的保障。
合同期满处理：
- 若劳动合同期满时员工仍在医疗期内，合同期限应顺延至医疗期满之日。这是法律对员工医疗期的特殊保护。
- 用人单位在合同到期不续签时，需按法律规定支付经济补偿金，以体现对员工的关怀和责任。
四、后续关注与支持
- 用人单位应持续关注员工的健康状况，提供必要的支持和帮助。例如，可以定期组织健康检查、提供健康咨询等。
- 对于需要长期治疗或康复的员工，用人单位可以与其协商更加灵活的工作安排或提供必要的辅助设施，以帮助其更好地融入工作。
综上所述，与有基础病员工签订劳动合同时，用人单位应充分了解员工的健康状况，遵守法律法规，明确合同条款，协商特殊安排，并持续关注员工的健康状况和提供必要的支持。这样不仅能够确保合同的合法性和有效性，还能够构建和谐稳定的劳动关系，实现双方的共赢。