结论：工人有基础病，在合同中约定“工作时间发病不算工伤”这一条款，一般情况下是无效的，因为工伤的认定主要依据法律法规，而非合同双方的约定。不过，具体能否认定为工伤，还需根据发病的具体情况来判断。

详细分析：

1. 工伤认定的法律依据：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤的认定主要侧重于因工作原因导致的身体伤害或患职业病。对于员工在工作时间和工作岗位上突发疾病的情况，若满足特定条件（如突发疾病死亡或在48小时之内经抢救无效死亡），则视同工伤。
   • 工伤的认定是法定的，不受合同双方约定的影响。因此，即使合同中有“工作时间发病不算工伤”的条款，该条款也可能因违反法律法规的强制性规定而无效。

2. 基础病与工伤认定的关系：

   • 如果工人的基础病是由于长期工作环境和条件导致的，如尘肺病与长期在尘土环境中工作有关，且这种关系得到了医疗机构的证明，那么这种疾病与工作有明确关联，可能被视为工伤的一部分。
   • 如果工人的基础病与工作无直接关联，且在工作中突发但未导致死亡或未在48小时之内经抢救无效死亡，那么这种情况通常不符合工伤认定条件。但即便如此，合同中的相关条款也不能完全排除工伤认定的可能性，因为工伤的认定还需考虑其他因素，如疾病与工作的关联性、突发疾病的具体情况等。

3. 合同条款的效力：

   • 合同是双方意思表示一致的产物，但合同的内容必须合法、合规。如果合同中的条款违反了法律法规的强制性规定，那么该条款是无效的。
   • 在工伤认定的问题上，合同双方不能通过约定来排除或限制法律法规的适用。因此，即使合同中有“工作时间发病不算工伤”的条款，该条款也不能作为拒绝认定工伤的依据。

4. 实际操作建议：

   • 对于工人来说，如果合同中有此类不合理的条款，可以与用人单位协商修改或删除。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
   • 对于用人单位来说，应该遵守法律法规的规定，不得在合同中设置违反法律法规强制性规定的条款。同时，应该加强劳动保护，改善工作环境和条件，减少工伤事故的发生。

总结与建议：

工人有基础病并不影响工伤的认定，工伤的认定主要依据法律法规而非合同双方的约定。因此，合同中“工作时间发病不算工伤”的条款一般是无效的。如果工人或用人单位对工伤认定有疑问或争议，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。