房东未按合同约定自行开具发票，而是通过第三方公司代开发票的行为，属于违反合同约定及可能涉及税务违规的情形，您有权要求房东纠正并承担相应责任。具体处理方式如下：

1. 核查合同条款与发票真实性
   首先需确认合同中是否明确约定房东有“自行开具发票”的义务（如约定“房东应向承租方开具合法有效的增值税发票”）。若合同有此约定，房东委托第三方代开可能构成违约。同时，需核查第三方代开的发票是否真实有效（如发票代码、号码、开票方信息是否与税务系统一致），若发票为虚假或非法代开，可能涉及税务违法，您有权拒绝接受并要求重新开具。

2. 与房东协商要求纠正
   若发票真实但违反合同约定，您可书面通知房东，要求其按合同约定自行开具发票，并明确若未纠正将追究违约责任（如赔偿因代开发票导致的税费损失、行政处罚风险等）。协商时建议留存书面沟通记录（如邮件、短信），以备后续维权使用。

3. 向税务机关举报违规行为
   若房东通过第三方代开发票的行为涉嫌税务违法（如虚开发票、逃避纳税义务），您可向当地税务局举报。根据《税收征收管理法》及《发票管理办法》，虚开发票或非法代开发票的，税务机关可对房东处以罚款（最高可达50万元），并追缴税款及滞纳金。举报时需提供合同、发票、沟通记录等证据，税务机关将依法调查并保护举报人信息。

4. 通过法律途径主张权利
   若房东拒绝纠正且协商无果，您可依据合同约定向法院起诉，要求房东履行开票义务或赔偿损失（如因代开发票导致您无法抵扣税款、面临税务稽查风险等）。诉讼中需重点证明：

   • 合同明确约定房东有自行开票义务；
     
   • 房东未履行义务且通过第三方代开；
     
   • 您因此遭受的实际损失（如税费增加、行政处罚风险等）。
     

风险提示：若您接受第三方代开的发票并用于财务报销或税务抵扣，可能因发票不合规被税务机关追责。建议谨慎处理，优先要求房东按合同履行义务。

如有进一步疑问或需协助处理，可直接向我咨询具体操作方案。