结论上，中标5000万但最终结算9000万是否合规，不能一概而论，需要依据合同的具体条款、实际履行情况以及相关法律法规来综合判断。以下从几个关键角度进行分析：
合同条款的约定：
- 如果合同中明确约定了工程或项目的最终结算金额可以因某些原因（如设计变更、工程量增加等）进行调整，并且这些调整符合合同约定的条件和程序，那么结算9000万可能是合规的。
- 如果合同中明确规定了固定总价，且没有允许调整的条款，那么结算金额超出中标金额可能构成违约，除非双方能够达成新的协议或存在其他合法理由。
实际履行情况：
- 在实际履行过程中，如果发生了合同未预见但合理的情况，如工程量显著增加、材料价格大幅上涨等，导致实际成本远高于中标价格，双方可能会通过协商对结算金额进行调整。
- 如果实际履行情况与合同约定基本一致，没有合理的理由支持结算金额的大幅增加，那么结算9000万可能缺乏合法依据。
相关法律法规的遵循：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。
- 如果结算金额的增加违反了上述法律法规的规定，如未经合法程序擅自变更合同价款，那么这种行为可能是不合规的。
可能的法律后果：
- 如果结算金额的增加缺乏合法依据，招标人或中标人可能面临违约责任、行政处罚等法律后果。
- 双方也可能因此产生纠纷，需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
建议：
- 对于招标人而言，应仔细审查合同条款，确保结算金额的调整符合合同约定和法律法规的规定。
- 对于中标人而言，如果认为结算金额需要调整，应及时与招标人沟通协商，并按照合同约定的程序进行变更。
- 如果双方无法就结算金额达成一致，可以考虑通过法律途径解决纠纷，如申请仲裁或提起诉讼。
示例说明：
假设一个工程项目中标金额为5000万，合同中约定了因设计变更导致工程量增加时，结算金额可以相应调整。在实际履行过程中，由于设计变更导致工程量显著增加，双方经过协商同意将结算金额调整为9000万。这种情况下，结算9000万是合规的。但如果合同中没有允许调整的条款，且实际履行情况与合同约定基本一致，那么结算9000万就可能缺乏合法依据。
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