结论：公司的合作协议仅盖有公司公章而没有法人代表签字和联系电话，其有效性需根据具体情况来判断，一般情况下，只要公章真实且加盖过程合法，协议即具有法律效力。以下从不同角度进行详细分析：

1. 公章的法律效力：

   • 公章是公司对外表示意思的重要工具，具有法律效力。在合同上加盖公司公章，通常视为公司对合同内容的认可和承诺。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，公章的加盖是合同成立的重要条件之一。

2. 法人代表签字的作用：

   • 法人代表签字是法人对合同内容的确认，具有证明合同真实性和合法性的作用。然而，并非所有合同都必须有法人代表签字才生效。
   • 在公司内部，公章的使用通常受到严格的监管和管理，加盖公章往往已经代表了公司的意志。因此，即使没有法人代表签字，只要公章真实且加盖过程合法，合同仍然可以具有法律效力。

3. 联系电话的缺失：

   • 联系电话并非合同生效的必要条件。它的缺失不会影响合同的法律效力，但可能会在合同履行过程中造成一定的沟通障碍。
   • 为了确保合同的顺利履行，建议在合同中明确双方的联系电话或其他联系方式，以便在需要时能够及时沟通。

4. 特殊情况下的考虑：

   • 如果合同内容存在违法或违反公序良俗的情况，即使加盖了公章，合同也可能被认定为无效。
   • 如果公章的加盖过程存在瑕疵，如未经授权擅自加盖、公章被伪造或变造等，也可能影响合同的法律效力。

法律建议：

• 为了确保合作协议的法律效力，建议在签订协议时尽量确保公章的真实性和加盖过程的合法性，并尽可能让法人代表签字确认。
• 如果协议中确实没有法人代表签字和联系电话，但公章真实且加盖过程合法，且协议内容合法合规，那么该协议仍然具有法律效力。然而，为了降低风险，建议在协议签订后通过其他方式（如书面确认函）对协议内容进行再次确认。
• 如果在协议履行过程中遇到任何问题或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。

可能后果：

• 如果协议被认定为有效，双方应按照协议约定履行各自义务。任何一方违反协议约定，都可能承担违约责任。
• 如果协议被认定为无效或存在瑕疵，可能导致协议无法履行或产生争议。在这种情况下，双方可能需要通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。