结论：施工单位离职后，是否需要将证件拿在个人手里，需分情况讨论，具体如下：

1. 证件性质决定归属
   若证件属于个人职业资格证书（如建造师证、安全员证等），根据《劳动合同法》第九条，用人单位不得扣押劳动者证件。离职时，您有权要求单位立即返还原件。若单位拒不归还，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张返还并可能要求赔偿损失。
   法律依据：《劳动合同法》第九条明确禁止用人单位扣押劳动者证件，否则由劳动行政部门责令限期退还，并可处以罚款。

2. 单位提供培训取得的证件
   若证件是单位出资培训后取得（如特种作业操作证），且培训协议中约定服务期及离职后证件处理方式（如归还单位或支付违约金后取回），则需按协议履行。但单位不得以扣押证件方式强制履行服务期，否则协议条款可能因违反法律强制性规定而无效。
   操作建议：检查培训协议条款，若单位要求合理（如支付剩余服务期对应培训费用后返还证件），可协商处理；若单位无理扣押，仍可依据《劳动合同法》主张权利。

3. 证件用于项目备案的特殊情况
   若您的证件被单位用于项目备案（如项目经理证），离职后需督促单位及时办理变更手续。根据《注册建造师管理规定》，单位应在30日内办理变更注册，否则可能面临行政处罚。您可要求单位出具书面承诺，限期完成变更，避免因项目问题牵连个人责任。
   风险提示：若单位未及时变更，您可能因“人证分离”被住建部门处罚（如暂停执业、罚款），甚至影响后续执业资格。

总结建议：

• 离职前主动与单位沟通证件返还事宜，留存书面沟通记录（如邮件、微信）；
  
• 若单位拒不配合，优先通过劳动监察投诉（处理周期短），次选劳动仲裁（需准备劳动合同、证件扣押证据等）；
  
• 涉及项目备案的证件，务必确认单位已完成变更手续后再离职，避免后续风险。
  

如有具体证件类型或单位扣押细节，可进一步说明，我会为您分析具体应对方案。