公司早会迟到罚款超过劳动者当月工资的20%且扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准的，属于违法行为。以下从多个角度为你详细分析：

罚款的合法性基础

从法律层面来讲，公司本身并没有行政处罚权，原则上不能随意对员工进行罚款。但在实践中，如果公司的规章制度经过民主程序制定（比如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），并且已经向劳动者公示告知，同时罚款的规定具有合理性（比如罚款金额与迟到造成的损失相当、罚款不是公司的主要盈利手段等），那么公司依据规章制度对员工迟到进行一定金额的罚款，在一定程度上可能被认定为合法。

罚款金额的限制

1. 不得超过当月工资的20% 根据相关规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。虽然迟到并不完全等同于给公司造成经济损失，但在一些司法实践中，如果公司规章制度有明确规定且合理，会将迟到罚款参照此标准来认定合理性。例如，员工月工资为5000元，公司每月因迟到对其罚款最多不能超过1000元。
2. 扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准 即使按照上述标准进行罚款，扣除罚款后劳动者当月工资剩余部分不得低于当地的月最低工资标准。这是为了保障劳动者的基本生活需求。比如当地月最低工资标准是2000元，员工月工资3000元，即使按照20%计算可罚款600元，但扣除后工资为2400元高于最低工资标准是可行的；但如果员工月工资只有2200元，即便按20%可罚款440元，扣除后工资为1760元低于最低工资标准，此时公司最多只能扣除200元，以保证员工工资不低于2000元。

公司的应对建议

如果公司想要对员工迟到进行管理，除了罚款这种方式外，还可以考虑其他合理的措施，比如设置全勤奖，对于当月没有迟到的员工给予一定的奖励；或者对迟到情况进行累计，达到一定次数后进行警告、调岗等处理，这些方式相对来说更合法合规，也能起到一定的管理作用。

员工的应对建议

如果员工认为公司迟到罚款不合理或者超过了法定标准，可以先与公司进行协商沟通，要求公司说明罚款的依据和合理性。如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对公司的行为进行调查处理；也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

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