迟到一次且只有几分钟，公司扣款是否违法，主要取决于扣款金额是否超出了法律允许的范围以及公司是否有相关规章制度。

首先，从法律角度来看，《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，如果公司因员工迟到几分钟而扣款，且扣款金额未超出上述规定范围，并事先在劳动合同或公司规章制度中明确，那么这种扣款行为通常不被视为违法。

其次，从公司规章制度角度来看，如果公司在员工手册、劳动合同或相关规章制度中明确规定了迟到扣款的金额或方式，并且这些规定不违反法律法规，那么公司按照这些规定进行扣款是合法的。但如果公司没有相关规定，或者扣款金额超出了法律规定的范围，那么公司的扣款行为就可能构成违法。

综上所述，迟到一次且只有几分钟公司扣款是否违法，需要综合考虑扣款金额、公司规章制度以及法律法规等多个因素。如果员工对公司的扣款行为有异议，可以先查看公司的相关规章制度，并与公司进行沟通协商。如果无法协商解决，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

因此，我无法给出一个具体的扣款金额来判断是否违法，因为这需要根据具体情况来分析。如果你有更具体的情况或问题，可以直接向我咨询，我会根据你的实际情况给出更详细的解答。