结论：甲方作为厂家代理人与乙方村委员会签订的征地协议，若未经有权的机关审批，一般是不合法的。下面我将从多个角度进行详细分析：
审批程序的必要性：
- 根据我国相关法律法规，土地征收必须遵循严格的审批程序。这通常包括由县级以上人民政府提出申请，经过上级人民政府或相关部门的审查批准，并最终获得征地批文。这一程序旨在确保土地征收的合法性、合理性和必要性，保护被征地农民的合法权益。
- 在未经有权机关审批的情况下签订的征地协议，往往缺乏法律上的有效依据，可能因违反法定程序而被认定为无效或可撤销。
村委员会的权限：
- 村委员会作为基层群众性自治组织，虽然在一定程度上可以代表村民进行某些民事活动，但在土地征收这一涉及重大公共利益的事项上，其权限是受到严格限制的。
- 村委员会无权自行决定土地征收事宜，更无权与厂家代理人签订未经审批的征地协议。这样的协议可能因超越村委员会的权限范围而无效。
法律后果：
- 如果征地协议未经有权机关审批，那么该协议可能面临被认定为无效的风险。一旦协议被认定为无效，双方将无法依据该协议主张权利或履行义务。
- 对于厂家来说，可能面临无法合法取得土地使用权的风险，进而影响其正常的生产经营活动。对于村委员会来说，可能因违反法定程序而承担相应的法律责任，如被责令改正、赔偿损失等。
建议与措施：
- 对于已经签订但未经审批的征地协议，双方应尽快向有权机关申请补办审批手续。如果审批机关认为该协议符合土地征收的条件和程序，可能会予以批准并补发征地批文。
- 如果审批机关认为该协议存在违法情形或不符合土地征收的条件和程序，那么双方应协商解除协议或寻求其他合法的解决方案。在此过程中，建议双方咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到妥善保护。
进一步思考：在土地征收过程中，除了审批程序外，还有诸多其他法律环节需要关注，如征地补偿标准的确定、征地程序的公开透明、被征地农民的安置和社会保障等。因此，在签订征地协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策要求，确保协议的合法性和有效性。如果您在土地征收方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。