结论：公路建设指挥部办公室作为甲方、镇政府作为乙方签订村集体土地征地协议书，其合法性需根据具体情况判断，主要涉及主体资格、授权情况及协议内容合法性三个方面。以下为详细分析：
一、主体资格与授权情况
公路建设指挥部办公室的主体资格：
- 公路建设指挥部办公室通常是临时设立的机构，负责公路建设的具体组织与协调工作。其是否具备签订征地协议的主体资格，需依据其设立时的授权文件或相关法律法规来确定。
- 若公路建设指挥部办公室获得了明确的授权，可以代表相关政府部门或建设单位进行征地活动，并签订征地协议，则其作为甲方签订协议是合法的。
镇政府的主体资格与授权：
- 镇政府作为基层政府，通常具备一定的行政管理职权，但在征地活动中，其是否可以直接作为乙方签订征地协议，需依据相关法律法规及地方政府的授权来确定。
- 在某些情况下，镇政府可能作为征地活动的实施主体，负责与被征地村集体进行协商并签订征地协议。然而，这通常需要上级政府或相关部门的明确授权。
二、协议内容合法性
征地程序合法性：
- 征地活动必须遵循法定程序，包括发布征地公告、进行土地现状调查、组织听证、签订征地补偿安置协议等。若公路建设指挥部办公室和镇政府在签订征地协议时未遵循这些程序，则协议可能因程序违法而无效。
补偿标准合法性：
- 征地补偿标准必须符合法律法规的规定，且应公平、合理。若协议中约定的补偿标准低于法定标准或未充分考虑被征地农民的合法权益，则协议可能因补偿标准不合法而引发争议。
协议条款明确性：
- 征地协议应明确约定征地的范围、目的、补偿方式、补偿金额、支付期限等关键条款。若协议条款模糊不清或存在歧义，则可能因条款不明确而引发纠纷。
三、具体建议
核查授权文件：
- 建议核查公路建设指挥部办公室和镇政府的授权文件，确认其是否具备签订征地协议的主体资格。
审查协议内容：
- 仔细审查征地协议的内容，确保其符合法律法规的规定，且程序合法、补偿标准合理、条款明确。
咨询专业律师：
- 若对征地协议的合法性存在疑问，建议咨询专业律师，以便获得更具体的法律意见和帮助。在此方面，我作为南辉律师，专注于刑事辩护与拆迁安置领域，可以为你提供专业的法律咨询和辩护服务。
关注后续程序：
- 即使征地协议签订合法，也需关注后续的征地实施程序，确保被征地农民的合法权益得到充分保障。
总结：公路建设指挥部办公室作为甲方、镇政府作为乙方签订村集体土地征地协议书的合法性，需根据主体资格、授权情况及协议内容合法性三个方面进行综合判断。若存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。