结论：大货车主责的情况下，保险公司是否赔偿非法营运小车的损失，需分情况讨论，主要取决于保险类型、保险条款约定以及事故责任划分，具体如下：

1. 交强险部分
   根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，交强险的赔偿范围是“被保险机动车发生道路交通事故造成本车人员、被保险人以外的受害人人身伤亡、财产损失”，且赔偿时不区分被保险车辆是否从事非法营运。因此，即使小车属于非法营运，大货车的交强险仍需在责任限额内（死亡伤残18万、医疗费用1.8万、财产损失0.2万）赔偿小车方的合理损失。但需注意，若小车方存在故意制造事故等法定免责情形，交强险可拒赔。

2. 商业三者险部分
   商业三者险的赔偿需以保险合同约定为准。若大货车的商业险条款中明确约定“被保险车辆从事违法活动（如非法营运）期间发生事故，保险公司免责”，且保险公司能证明小车非法营运与事故存在因果关系（例如小车因非法营运超速、超载导致事故），则保险公司可能依据条款拒赔商业险部分。反之，若条款未明确约定或无法证明因果关系，保险公司仍需赔偿。

3. 非法营运对赔偿的影响
   小车非法营运本身不影响大货车方的赔偿责任划分（大货车主责仍需按比例承担赔偿），但可能影响小车方自身损失的获赔范围。例如，若小车方因非法营运导致车辆损失扩大（如超载加重事故后果），法院可能酌情减轻大货车方的赔偿责任；若小车方人员受伤，其非法营运行为可能影响误工费、营运损失等赔偿项目的认定（需结合具体证据判断）。

建议：

• 大货车方：及时报险，配合保险公司定损，保留事故现场证据（如行车记录仪、交警责任认定书）；若对保险拒赔有异议，可起诉保险公司要求履行赔付义务。
  
• 小车方：若自身存在非法营运行为，需谨慎主张营运损失等项目；可要求大货车方在交强险范围内优先赔偿人身损害，剩余部分按责任比例分担。
  

如有进一步细节（如保险条款内容、事故具体经过等），可继续向我咨询。