公务员的工资被非法扣发，可以通过以下途径依法维权：

1. 内部申诉与协商
   首先建议与单位人事或财务部门沟通，明确扣发工资的具体原因（如是否存在考勤争议、考核不达标等）。若单位无法提供合法依据（如未出具书面处罚决定、未说明扣发比例及依据的法规条款），可要求立即补发工资。根据《公务员法》第八十条，公务员对涉及本人的人事处理不服的，可自知道该处理之日起三十日内向原处理机关申请复核，或向同级公务员主管部门提出申诉。

2. 申请劳动仲裁（特殊情形适用）
   若单位拒绝补发且扣发行为涉嫌违反《劳动法》《劳动合同法》（如未签订书面合同、未足额支付劳动报酬），可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。需注意：公务员与单位的关系受《公务员法》调整，但若存在劳务派遣、兼职等特殊情形，可能适用劳动法律。

3. 提起行政诉讼
   若单位扣发工资的行为属于行政处罚（如因违纪被处分），但处罚程序违法（如未听取陈述申辩、未送达处罚决定书），可依据《行政诉讼法》第十二条，以单位为被告向法院提起行政诉讼，要求撤销处罚决定并补发工资。

4. 举报与监察投诉
   向同级或上级纪检监察机关举报单位违法扣发工资的行为，纪检监察机关将依职权调查并督促整改。根据《监察法》第三十五条，对涉嫌职务违法的公职人员，监察机关可依法给予政务处分。

关键证据收集建议：

• 工资条、银行流水（证明扣发事实及金额）；
  
• 单位扣发工资的书面通知或口头记录（如录音）；
  
• 考勤记录、考核结果等可能影响工资的证据；
  
• 与单位沟通的书面材料（如邮件、聊天记录）。
  

风险提示：
若扣发工资与违纪行为相关，需先确认单位处罚程序是否合法。若程序违法，可通过法律途径维权；若程序合法，则需接受相应处分，但可主张单位补足扣除部分的合法性（如扣除比例不得超过月工资的20%）。

如有进一步疑问或需协助准备申诉材料，可直接向我提问。