违法更改公务员工资的处理方式需根据具体违法情形及责任主体来判定，核心结论如下：

1. 若为行政机关内部违规操作（如擅自调整工资标准、克扣工资）

   • 责任主体：直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能面临行政处分（警告、记过、记大过、降级、撤职、开除）。
     
   • 法律依据：根据《公务员法》第106条，违反规定改变公务员工资、福利、保险待遇标准的，对负有责任的领导人员和直接责任人员依法给予处分。
     
   • 处理流程：公务员可通过内部申诉渠道（如向本级或上级机关人事部门提出申诉），要求纠正违法行为并补发工资差额。
     

2. 若涉及贪污、挪用公款等刑事犯罪（如虚构名目套取工资）

   • 责任主体：直接实施违法行为的人员可能构成贪污罪、挪用公款罪等。
     
   • 法律依据：根据《刑法》第382条（贪污罪）、第384条（挪用公款罪），数额较大或情节严重的，可处三年以下有期徒刑至无期徒刑，并处罚金或没收财产。
     
   • 处理流程：由纪检监察机关或司法机关立案调查，追究刑事责任，同时追缴违法所得。
     

3. 若为程序违法（如未履行审批手续擅自调整）

   • 责任主体：单位或相关责任人可能被责令改正，并承担行政责任。
     
   • 法律依据：根据《行政机关公务员处分条例》第28条，违反规定设定或者实施行政许可的，对直接责任人员给予处分。
     
   • 处理流程：上级机关或财政部门可要求限期整改，恢复合法工资标准。
     

补充说明：

• 公务员对工资调整有异议的，可依据《公务员法》第95条，在知道人事处理之日起30日内向原处理机关申请复核，或向同级公务员主管部门提出申诉。
  
• 若涉及单位集体违规，可能追究单位主要负责人的领导责任。
  

如有具体案件细节（如调整方式、金额、责任主体等），可进一步向我说明，我会结合事实提供更精准的分析。