针对您提出的“起诉小三，但小三不在户籍所在地居住怎么办”的问题，这确实是一个涉及法律程序和实际操作的问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，起诉某人并不一定要求其必须在户籍所在地。在法律上，当被告不在户籍所在地居住时，我们通常可以依据其经常居住地来确定管辖法院。经常居住地一般是指公民离开住所地至起诉时已连续居住一年以上的地方，但公民住院就医的地方除外。
具体操作步骤如下：
确定小三的经常居住地：
- 您可以通过调查、询问相关人士或利用其他合法手段，尽可能确定小三目前的经常居住地。
- 如果小三在某个地方已经连续居住了一年以上，并且没有住院就医等特殊情况，那么这个地方就可以视为其经常居住地。
向经常居住地法院提起诉讼：
- 一旦确定了小三的经常居住地，您就可以向该地的基层人民法院提起诉讼。
- 在提起诉讼时，您需要准备相关的证据材料，如聊天记录、转账记录、照片或视频等，以证明小三与您的配偶存在不正当关系，并因此给您造成了损害。
遵循法律程序：
- 提交起诉状后，法院会进行审查，并决定是否受理您的案件。
- 如果法院受理了您的案件，它会安排开庭审理，并通知您和小三出庭。
- 在庭审过程中，您需要陈述事实、提供证据，并接受法院的询问和调解。
考虑其他法律手段：
- 如果小三故意躲避诉讼，导致法院无法直接送达诉讼文书，您可以考虑向法院申请公告送达。公告送达后，如果小三在法定期限内仍未出庭应诉，法院可以缺席判决。
- 另外，如果小三的行为构成重婚罪等刑事犯罪，您还可以向公安机关报案，要求追究其刑事责任。
额外建议：
- 在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，避免采取过激行为。
- 您可以咨询专业的律师或法律机构，以获取更具体和专业的法律建议。
- 准备好充分的证据是胜诉的关键，因此请务必注意收集和保存相关证据。
综上所述，即使小三不在户籍所在地居住，您仍然可以通过确定其经常居住地并向该地法院提起诉讼的方式来维护自己的合法权益。希望这些解答和建议能对您有所帮助。