结论：非法营运的小车被大货车追尾，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于保险合同条款、事故责任认定以及非法营运事实的披露情况。以下是具体分析：

1. 从保险合同条款角度
   商业车险合同中通常会有“责任免除”条款，明确约定若车辆从事非法营运活动（如未取得营运资质却载客收费），保险公司有权拒赔。这是因为非法营运显著增加了车辆的使用风险，违反了保险合同中“车辆使用性质需如实告知”的义务。若保险合同中有此类条款，且能证明事故发生时车辆确实处于非法营运状态，保险公司大概率会拒赔。

2. 从事故责任认定角度
   若大货车追尾是因自身过错（如超速、未保持安全距离等），且小车虽非法营运但无其他违法行为（如未违规变道、未突然刹车等），则大货车方需承担全部或主要责任。此时，小车方的损失可先由大货车的交强险在限额内赔偿（医疗费1.8万、财产损失2000元等），超出部分由大货车商业三者险赔偿。但若小车方存在过错（如非法营运导致车辆超载、未定期检修等），可能需按比例承担部分责任。

3. 从非法营运事实的披露角度
   若小车方在投保时未如实告知车辆使用性质（如按“非营运”投保但实际从事营运），保险公司可能以“未如实告知”为由解除合同并拒赔。但若保险公司无法证明已尽到明确说明义务（如未在合同中加粗提示免责条款），或事故与非法营运无直接因果关系（如追尾完全因大货车过错导致），法院可能支持小车方的索赔请求。

建议：

• 若您是事故中的小车方，需立即固定证据（如行车记录仪、现场照片、交警责任认定书），并联系保险公司报案，同时准备应对可能的拒赔；
  
• 若您是大货车方，需确认小车是否存在非法营运及其他违法行为，以便在责任划分时主张减轻己方责任；
  
• 无论哪方，均建议尽快咨询专业律师，结合具体证据和保险合同条款制定应对策略。
  

如有进一步细节（如保险合同具体条款、事故责任认定结果等），可随时向我补充说明，我会为您详细分析。