非法占用农用地修复的委托签订主体，通常取决于具体的修复责任主体及修复程序的启动方式，一般由造成农用地破坏的责任方或相关行政机关来委托签订。以下从不同角度进行详细分析：
一、责任方委托签订
非法占用者自行修复：
- 在某些情况下，非法占用农用地的行为人可能自愿承担修复责任，并自行委托具有相应资质的机构或个人进行修复。此时，委托签订的主体即为非法占用者本人。
- 法律依据：虽然直接的法律条款可能并未明确规定非法占用者需自行委托修复，但根据《土地管理法》、《农村土地承包法》等相关法律法规的精神，非法占用者有义务恢复土地原状，因此其自行委托修复是履行这一义务的一种方式。
责任方被责令修复：
- 如果非法占用农用地的行为被相关行政机关发现并查处，行政机关可能会责令责任方限期修复被破坏的农用地。在这种情况下，责任方需按照行政机关的要求，委托具有相应资质的机构或个人进行修复，并签订修复合同。
- 法律依据：根据《土地管理法》第七十五条：“违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
二、行政机关委托签订
行政机关直接委托：
- 在某些特殊情况下，如责任方无法确定、责任方无力修复或拒绝修复等，相关行政机关可能会直接委托具有相应资质的机构或个人进行修复。此时，委托签订的主体即为相关行政机关。
- 法律依据：虽然直接的法律条款可能并未明确规定行政机关在何种情况下可以直接委托修复，但根据《土地管理法》等相关法律法规的精神，行政机关有责任保护土地资源，防止土地被非法占用和破坏，因此在必要时可以直接采取措施进行修复。
行政机关组织修复并监督：
- 除了直接委托修复外，行政机关还可以组织修复工作，并监督修复过程。在这种情况下，行政机关可能会与修复机构或个人签订修复合同，但合同的签订和执行可能更多地依赖于行政机关的组织和监督。
- 实践做法：在实际操作中，行政机关可能会通过公开招标、邀请招标等方式选择具有相应资质的修复机构或个人，并与其签订修复合同。同时，行政机关还会对修复过程进行全程监督，确保修复工作符合相关标准和要求。
三、特殊情况下的委托签订
- 第三方参与修复：
- 在某些情况下，可能存在第三方愿意参与农用地修复工作的情况。例如，一些环保组织或企业可能出于社会责任或公益目的，愿意承担修复责任。此时，委托签订的主体可能为第三方与责任方或行政机关共同协商确定。
- 司法程序中的委托签订：
- 如果非法占用农用地的行为涉及诉讼或仲裁等司法程序，那么修复合同的签订可能需要在司法机关的监督或指导下进行。此时，委托签订的主体可能需要根据司法机关的判决或裁决来确定。
建议：
- 对于非法占用农用地的行为人来说，应尽快停止非法占用行为，并主动承担修复责任，以避免更严重的法律后果。
- 对于相关行政机关来说，应加强对农用地的保护和管理，及时发现并查处非法占用行为，同时积极组织或监督修复工作，确保被破坏的农用地得到及时恢复。
- 在签订修复合同时，各方应明确修复范围、修复标准、修复期限等关键条款，并确保合同内容合法、有效、可执行。
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