对于非法占用农用地但已恢复植被的情况，处理方式需结合具体情节和法律规定综合判断，主要涉及行政处罚、刑事责任及生态修复责任三个方面。以下分情况详细说明：

1. 若行为未达刑事犯罪标准，通常以行政处罚为主

根据《土地管理法》第七十七条及《土地管理法实施条例》第五十七条，非法占用农用地（如耕地、林地等）但未造成严重后果的，由自然资源主管部门或农业农村主管部门责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物，并可处以罚款（罚款标准为每平方米100元至1000元，具体根据占用土地类型和情节确定）。
关键点：即使已恢复植被，行政机关仍可能对违法行为本身进行处罚，但恢复植被可作为从轻或减轻处罚的情节。例如，若占用耕地建房但主动拆除并复垦，可能降低罚款额度。

2. 若行为构成刑事犯罪（非法占用农用地罪），需承担刑事责任

根据《刑法》第三百四十二条，非法占用基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上，造成耕地种植条件严重毁坏或严重污染的，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
已恢复植被的影响：

• 量刑情节：恢复植被属于“积极修复生态环境”的表现，法院可能根据《最高人民法院关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第三条，在量刑时从轻或减轻处罚（如降低刑期或罚金）。
  
• 不免除刑事责任：刑事责任与行政责任不同，恢复植被不能完全免除刑事处罚，但可作为悔罪表现影响最终判决。

3. 生态修复责任是独立义务，需持续履行

即使已恢复植被，若原占用行为导致土壤肥力下降、生物多样性受损等长期影响，行政机关或司法机关可能要求行为人承担进一步修复责任（如土壤改良、植被补种等），或缴纳生态修复费用。
法律依据：根据《民法典》第一千二百三十四条，污染环境、破坏生态者需承担修复责任；若无法修复，则需赔偿损失。

4. 特殊情形：行政处罚与刑事处罚的衔接

若行为人先被行政机关处罚（如罚款、责令复垦），后发现构成犯罪的，行政机关需将案件移送司法机关，已执行的行政处罚可折抵相应刑罚（如罚款折抵罚金）。但恢复植被的情节仍需在刑事阶段重新评估。

总结建议

1. 主动配合调查：若已被立案，应积极向行政机关或司法机关说明恢复植被的情况，提供复垦证明、照片等证据。
   
2. 咨询专业评估：委托第三方机构对恢复效果出具评估报告，证明农用地功能已恢复，以争取从宽处理。
   
3. 关注后续监管：即使案件了结，仍需接受行政机关的长期监督，确保农用地持续符合使用标准。
   

如有具体案件细节（如占用面积、土地类型、恢复程度等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的分析。