农民工在高标准农田工程中有合同的情况下，一般能要回钱，但具体能否要回以及要回的难度和方式，需结合以下情况分析：

1. 合同性质与主体
   若农民工与承包方（如建筑公司、施工队）直接签订了书面劳动合同或劳务合同，且合同中明确约定了工资标准、支付时间等条款，则农民工与承包方构成明确的债权债务关系。此时，农民工可通过以下途径维权：

   • 协商：直接与承包方沟通，要求按合同支付工资；
     
   • 投诉：向当地劳动监察部门举报，由行政部门责令限期支付；
     
   • 仲裁/诉讼：若协商、投诉无果，可申请劳动仲裁或向法院起诉，要求支付工资及可能的违约金。
     

2. 合同履行中的特殊情形

   • 承包方违约：若承包方因经营困难、工程款未到位等原因拒付工资，农民工仍可依据合同要求其承担违约责任。即使承包方声称“上游未付款”，也不影响其对农民工的支付义务（合同相对性原则）；
     
   • 工程转包/分包：若工程被层层转包，农民工需确认合同相对方。若与实际施工人（如“包工头”）签订合同，而施工人无用工主体资格，则总承包方可能需承担连带责任（依据《保障农民工工资支付条例》第三十条）；
     
   • 合同瑕疵：若合同未明确工资标准或支付时间，农民工需收集其他证据（如考勤记录、工友证言、工程款结算单等）证明劳动关系及欠薪事实，再通过法律途径主张权利。

3. 政策保障与行政干预
   高标准农田工程通常涉及财政资金或政府补贴，若承包方为政府合作单位，农民工还可通过以下方式加速维权：

   • 向当地农业农村局或财政部门反映：要求核查工程款支付情况，督促承包方优先支付农民工工资；
     
   • 申请法律援助：若经济困难，可向当地法律援助中心申请免费律师协助，降低维权成本。

行动建议：

1. 立即整理合同、工资条、考勤记录等证据；
   
2. 优先与承包方协商，并留存沟通记录（如录音、微信聊天记录）；
   
3. 若协商无果，尽快向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
   
4. 如涉及工程转包或政府项目，可同步向行业主管部门反映情况。
   

温馨提示：农民工工资支付受《劳动法》《保障农民工工资支付条例》等法律法规严格保护，即使承包方以“工程亏损”“甲方未付款”等理由推诿，也不影响您依法主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。