农民对高标准农田建设不同意，是否可以起诉需分情况讨论，以下从不同角度为你详细分析：

1. 若农民认为建设行为侵犯其合法权益
   例如，建设过程中存在未经合法程序征收土地、未给予合理补偿、破坏耕地质量或生态环境等情形，农民有权以侵权为由向法院提起民事诉讼，要求停止侵害、恢复原状或赔偿损失。
   根据《民法典》第120条，民事权益受到侵害的，被侵权人有权请求侵权人承担民事责任。此时需重点收集证据，如土地权属证明、建设行为照片、损失评估报告等。

2. 若农民认为行政机关的审批或实施行为违法
   高标准农田建设通常涉及行政许可、规划调整等行政行为。若农民认为行政机关未依法履行听证、公示等程序，或超越职权、滥用职权，可针对具体行政行为提起行政诉讼。
   根据《行政诉讼法》第12条，对行政机关侵犯土地使用权等合法权益的行为，公民有权提起诉讼。需注意行政诉讼的起诉期限为知道行政行为作出之日起6个月内。

3. 若争议属于集体决策范畴
   若建设方案已通过村民会议或村民代表会议合法程序表决通过，且符合土地管理法、农村土地承包法等规定，个别农民不同意可能难以直接起诉。但若表决程序存在瑕疵（如未达到法定人数、未公开表决结果），可申请撤销相关决议或提起确认程序违法之诉。

建议行动步骤：

1. 明确争议焦点（是权益受损、程序违法还是决策分歧）；
   
2. 收集关键证据（土地合同、政府文件、现场照片等）；
   
3. 咨询律师评估诉讼可行性，优先通过协商、行政复议等低成本方式解决；
   
4. 若决定起诉，需在法定期限内提交诉状及证据材料。

如有进一步细节（如具体侵权情形、行政行为类型等），可向我补充说明，我会为你提供更精准的分析。