结论：航空公司收取超过50%的退票手续费是否合法，需结合具体合同条款、退票时间、舱位类型及是否涉及格式条款等因素综合判断，不能一概而论。
1. 合同自由原则：手续费比例由双方约定
根据《民法典》第496条，航空公司与乘客通过购票形成运输合同关系，退票手续费属于合同条款的一部分。若航空公司已在购票时以显著方式（如加粗、弹窗提示）告知退票规则，且乘客同意购票，则手续费比例原则上受法律保护，即使超过50%也可能合法。
例外：若手续费条款被认定为“显失公平”（如退票成本远低于手续费金额），乘客可依据《民法典》第151条请求法院或仲裁机构撤销该条款。
2. 退票时间与舱位类型的影响
- 时间因素：航空公司通常根据退票时间（如起飞前7天、48小时、24小时内）设置阶梯式手续费。例如，临近起飞时退票，航空公司可能因座位再销售难度增加而提高手续费比例，此时超过50%可能合理。
- 舱位类型：特价票（如经济舱折扣票）可能因票价本身较低，航空公司通过高手续费平衡成本，而全价票手续费比例通常较低。若特价票合同明确约定高手续费，且不违反强制性规定，则合法。
3. 格式条款的效力审查
若退票规则属于航空公司单方制定的格式条款，需符合《消费者权益保护法》第26条：
- 提示义务：航空公司需以显著方式提示乘客注意手续费条款（如购票页面强制阅读条款、短信提醒）；
- 解释义务：对模糊条款需按通常理解解释，不利条款提供方（航空公司）承担不利后果。
若未履行提示义务，乘客可主张手续费条款不成为合同内容；若条款显失公平（如退票成本仅10%但收费80%），乘客可请求变更或撤销。
4. 行业惯例与监管规定
- 民航局规范：原《中国民用航空旅客、行李国内运输规则》曾规定“退票费不得高于实际损失”，但该规则已废止，现行法律未明确手续费上限，由市场调节；
- 地方性法规：部分省份（如广东）曾出台文件限制手续费比例，但效力层级较低，实践中仍以合同约定为主。
建议：乘客可查询航空公司所属地的交通运输主管部门或消费者协会发布的指引，作为协商参考。
5. 乘客的维权路径
若认为手续费不合理，可采取以下措施：
- 与航空公司协商：要求提供手续费计算依据（如座位再销售成本、行政费用等）；
- 向监管部门投诉：通过民航局消费者事务中心（12326）或12315平台投诉；
- 诉讼或仲裁：若争议金额较大，可依据购票合同中的争议解决条款提起诉讼或仲裁。
总结：手续费是否合法需结合合同条款、退票时间、舱位类型及格式条款效力综合判断。若您遇到具体纠纷，可提供购票时间、舱位类型、手续费金额等细节，我将进一步分析合同条款的合法性及维权策略。