结论：违法用地不能直接通过增减挂钩补办手续，但特定情形下可能通过整改后纳入增减挂钩项目，需严格符合法定条件并履行完整程序。

1. 增减挂钩的适用前提是合法用地

根据《城乡建设用地增减挂钩管理办法》（自然资规〔2023〕2号），增减挂钩的核心是将农村建设用地复垦为农用地，腾出的建设用地指标用于城镇建设，其适用对象必须是合法合规的农村建设用地。若原用地行为本身违法（如未批先建、擅自改变土地用途、占用永久基本农田等），则不符合增减挂钩的“合法性前提”，无法直接通过该政策补办手续。

2. 违法用地的处理路径：先整改，后评估

若违法用地已通过行政处罚（如罚款、没收、拆除等）完成整改，并恢复土地原状或符合规划要求，理论上可能通过以下方式间接关联增减挂钩：

• 纳入复垦范围：若违法用地为农村废弃建设用地（如闲置宅基地、废弃工矿用地），且已通过拆除、复垦恢复为农用地，可申请纳入增减挂钩项目区，但需满足：
  • 复垦后的土地符合《土地复垦条例》标准；
  • 通过省级自然资源主管部门验收；
  • 纳入年度增减挂钩实施方案并获批。
• 指标交易限制：即使纳入增减挂钩，通过违法用地复垦产生的指标不得用于商业开发，仅能用于公益性项目建设或乡村振兴类用途，且需严格监管资金流向。

3. 关键风险提示

• 程序合法性：若试图通过“先违法用地、后补办增减挂钩”规避审批，可能构成“以拆代批”“以复垦代替供地”等违法行为，面临行政处罚甚至刑事责任。
• 指标有效性：违法用地复垦产生的指标需经省级自然资源部门核定，若原用地行为未彻底整改，指标可能被认定为无效，导致项目无法落地。
• 政策变动风险：增减挂钩政策对违法用地的容忍度逐年收紧，部分省份已明确禁止违法用地通过增减挂钩“洗白”，需以最新地方政策为准。

4. 实务建议

• 优先整改：对违法用地立即停止使用，按《土地管理法》要求接受处罚，恢复土地原状或补办合法手续（如农转用审批、供地手续）。
• 合规复垦：若需通过增减挂钩盘活土地，确保复垦行为本身合法，并严格履行村民会议决议、公示、验收等程序。
• 政策咨询：增减挂钩的具体操作细则因省而异，建议提前向当地自然资源部门核实政策口径，避免因信息差导致合规风险。

总结：增减挂钩不是违法用地的“补办通道”，而是合法用地盘活的工具。若您涉及具体项目，可进一步提供用地性质、违法情形、整改进度等信息，我将为您分析合规路径。