关于企业违法用地补办手续的问题，这是一个涉及多个步骤和文件准备的过程。以下是根据您提供的参考信息整理出的详细解答：

一、申请补办所需材料

首先，企业需要准备一系列的材料来申请补办违法用地手续，这些材料包括但不限于：

1. 处罚决定书：由国土资源部门出具的，对企业违法用地行为的处罚决定。
2. 罚款收据：证明企业已经按照处罚决定缴纳了罚款。
3. 企业营业执照：企业的合法经营证明。
4. 规划建设用地许可证（或违法用地符合规划的证明）：证明该块土地虽然原本违法，但现在符合规划要求。
5. 关于申请补办用地手续的报告（如适用）：解释为何当年处罚后现在才申请补办用地手续。
6. 土地违法行为现场踏勘记录表：记录违法用地现场的情况，包括占用耕地、基本农田等。
7. 违法用地补办用地报批手续通知书：由相关部门出具的，同意企业补办用地手续的通知。

此外，根据具体情况，可能还需要提供其他材料，如宗地墨线图、房屋所有权及其附属物证明资料、购地补偿协议等。

二、补办程序

补办程序通常包括以下几个步骤：

1. 提交申请：企业向当地国土资源部门提交补办申请，并附上所需的所有材料。
2. 初审与踏勘：国土资源部门受理申请后，会进行初审，并派员到现场进行踏勘，填写《土地违法行为现场踏勘记录表》和《违法用地补办用地报批手续通知书》。
3. 集体预审：分局将初审通过的材料报市局进行违法建设用地集体预审。
4. 签署意见：预审通过后，材料会报市法规监察处签署意见，然后再报省厅执法监察局签署意见。
5. 缴纳费用与签订合同（如适用）：根据具体情况，企业可能需要缴纳相关费用，如土地出让金等，并与国土资源部门签订土地出让合同。
6. 完成补办：所有手续完成后，企业即可获得合法的土地使用手续。

三、注意事项

在补办过程中，企业需要注意以下几点：

1. 严格按照规定准备材料：确保所有材料都齐全、准确，避免因为材料问题而延误补办进程。
2. 积极配合调查与踏勘：在国土资源部门进行调查与踏勘时，企业要积极配合，提供必要的协助。
3. 遵守相关法律法规：在补办过程中，企业要遵守相关法律法规，不得有弄虚作假、欺骗补办等行为。
4. 关注办结时限：了解并关注补办手续的办结时限，确保在规定时间内完成所有手续。

综上所述，企业违法用地补办手续是一个复杂而繁琐的过程，需要企业准备充分的材料，并积极配合相关部门的调查与踏勘。同时，企业也需要遵守相关法律法规，确保补办过程的合法性与合规性。