在法律文件中，当附加条例与主条款发生冲突时，通常附加条例优先适用，但这一原则并非绝对，需结合具体情形判断。以下从不同角度详细分析：

1. 从合同解释原则的角度
   根据《民法典》第142条关于合同解释的规定，当合同条款存在冲突时，应结合条款目的、交易习惯及诚实信用原则进行解释。若附加条例是双方在主合同签订后，针对特定事项达成的补充约定（如补充协议、修正案等），通常视为对主条款的修改或补充，此时附加条例优先适用。例如：主合同约定“货款分期支付”，但补充协议明确“最后一期货款需在验收合格后一次性支付”，此时补充协议（附加条例）应优先执行。

2. 从条款性质的角度
   若附加条例属于“特别条款”或“例外条款”，而主条款为“一般条款”，根据法律逻辑中的“特别法优于一般法”原则，附加条例优先适用。例如：主合同约定“所有货物适用统一保修期”，但附加条例规定“某类精密设备保修期延长至5年”，此时附加条例作为特别约定应优先执行。

3. 从时间顺序的角度
   若附加条例是双方在主合同签订后，通过协商一致对原条款的变更或补充，根据《民法典》第543条“当事人协商一致可以变更合同”的规定，后签订的附加条例优先于先签订的主条款。例如：主合同签订后，双方通过书面协议修改了交货时间，新协议（附加条例）应优先适用。

4. 从条款冲突的严重程度角度
   若附加条例与主条款的冲突导致合同目的无法实现或显失公平，法院可能根据《民法典》第154条（恶意串通）、第157条（民事法律行为无效后果）等规定，判定冲突条款无效或调整适用顺序。例如：主合同约定“买方承担所有税费”，但附加条例规定“卖方承担增值税”，若增值税占交易额的50%以上，导致买方义务显著加重，法院可能认定附加条例无效或部分无效。

实务建议：

1. 起草合同时，应明确附加条例的效力层级（如标注“本补充协议与主合同冲突时，以本协议为准”）；
   
2. 修改合同时，建议通过书面形式固定变更内容，并由双方签字盖章；
   
3. 发生冲突时，优先通过协商解决，协商不成可依据合同约定或法律规定向法院起诉。
   

如有具体合同条款或案例需要分析，可直接向我咨询，我会结合细节进一步解答。