补充条款在符合法定条件时优先于主合同，但具体是否优先需结合条款内容、签订时间及双方真实意思表示综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律原则：补充条款优先的依据

根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条：“当事人协商一致，可以变更合同。”补充条款本质上是双方对主合同内容的变更或补充，若补充条款与主合同条款存在冲突，后签订的补充条款通常视为对主合同的修改，具有优先效力。
举例：主合同约定“货款支付方式为分期付款”，后双方签订补充条款明确“改为一次性付清”，此时补充条款优先，买方需一次性支付。

2. 例外情形：补充条款可能不优先的情况

• 补充条款违反法律强制性规定：若补充条款内容违法（如约定“免除一方故意伤害的赔偿责任”），则该条款无效，仍按主合同或法定规则处理。
  
• 补充条款存在欺诈、胁迫等情形：若一方通过欺诈、胁迫手段签订补充条款，受害方可请求撤销该条款，此时主合同原条款可能恢复效力。
  
• 主合同明确约定“补充条款不优先”：若主合同中已写明“补充条款与主合同冲突时，以主合同为准”，则需按主合同执行。

3. 实务建议：如何确保补充条款优先？

• 明确约定优先性：在补充条款中写明“本补充条款与主合同不一致的，以本补充条款为准”，减少争议。
  
• 保留签订证据：确保补充条款的签订时间、双方签字盖章等证据完整，避免对方否认补充条款的真实性。
  
• 及时履行告知义务：若补充条款涉及对方重大利益（如增加付款义务），建议通过书面通知、邮件等方式再次确认，避免对方以“不知情”为由抗辩。

4. 若补充条款无效，如何处理？

若补充条款因违法或程序问题无效，双方应按主合同约定履行；若主合同也无明确约定，则需根据《民法典》第五百一十条（协议补充）或第五百一十一条（法定补充）处理，例如按交易习惯、市场价格等确定权利义务。

总结：补充条款是否优先主合同，需结合条款合法性、签订程序及双方真实意思表示综合判断。若您遇到具体合同纠纷，建议提供补充条款和主合同内容，我可以进一步为您分析风险点及应对策略。