当附加协议（通常指补充协议）与主合同发生冲突时，这是一个涉及合同解释和法律适用的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、基本原则
约定优先原则：
- 首先，应检查主合同和补充协议中是否明确约定了冲突解决方式。如果双方已经约定了“以补充协议为准”或其他类似的条款，那么应当严格按照该约定执行。这是双方当事人在签订合同时的真实意思表示，具有最高的法律效力。
补充协议性质与优先原则：
- 补充协议通常是对主合同内容的细化、解释或修改。在性质上，它可以分为解释说明型和变更型。对于解释说明型补充协议，应与主合同进行合理整合理解；而对于变更型补充协议，在冲突部分通常以补充协议为准，因为它代表了双方新的合意。
最后签署原则：
- 如果两份合同均有效且补充协议中未约定冲突处理规则，那么应以最后签署的补充协议中的相关条款作为最终决策依据。这是因为时间在后的约定实际上是对之前约定的重新审视和修改，更能体现双方当事人的最新意愿。
主合同限制条款原则：
- 需要注意的是，如果主合同中明确存在不允许补充协议对主合同进行修改的限制条款，那么在这种情况下，即使补充协议与主合同存在冲突，也应以主合同的内容为准。这是主合同对补充协议的一种特殊约束。
二、处理步骤
全面审查合同：
- 双方应全面、准确地理解主合同及补充协议的内容，特别是关于冲突解决的条款。这有助于明确双方的权利和义务，为后续的协商或法律程序奠定基础。
沟通协商：
- 发现冲突后，双方应及时进行沟通，尝试通过解释疑义或请第三方参与协商来达成共识。协商是解决合同冲突的首选方式，因为它可以节省时间和成本，同时维护双方的关系。
寻求法律专业人士的帮助：
- 若双方无法自行解决冲突，应咨询法律专业人士，如律师或法律顾问。他们可以提供专业的法律建议和解决方案，帮助双方更好地理解合同条款和法律规定。
综合考虑多方面因素：
- 在处理冲突时，需综合考虑合同签订背景、当事人真实意思表示、公平原则及交易习惯等因素。这些因素有助于更全面地理解合同的目的和意图，从而做出更合理的判断。
采取法律手段解决纠纷：
- 如果协商无果，双方可以通过申请仲裁（如有仲裁条款）或向有管辖权的人民法院提起诉讼的方式解决纠纷。法律程序虽然可能耗时较长且成本较高，但它可以提供一种公正、权威的解决方案。
三、法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同生效后，当事人可以就质量、价款或者报酬、履行地点等内容进行协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。这为处理合同冲突提供了基本的法律框架和指导。
四、实际操作建议
- 在签订补充协议时，应明确约定冲突解决方式，以避免后续纠纷。
- 在签订任何协议之前，应进行合法性审查，确保协议内容不违反法律法规的强制性规定，不损害社会公共利益和他人合法权益。
- 在处理合同冲突时，保持冷静和理性，通过合法途径寻求解决方案。
综上所述，当附加协议与主合同发生冲突时，应遵循约定优先、补充协议性质与优先、最后签署以及主合同限制条款等原则进行处理。同时，双方应积极沟通协商，寻求法律专业人士的帮助，并在必要时采取法律手段解决纠纷。