工厂扣押员工身份证是违法的。以下从法律背景、违法后果以及员工应对措施三个角度进行详细分析：
一、法律背景
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。这一规定明确禁止了用人单位在招聘或管理过程中扣押员工身份证的行为，旨在保护劳动者的个人权益和身份证件的安全。
同时，《中华人民共和国居民身份证法》第十五条也明确规定，任何组织或者个人不得扣押居民身份证，但公安机关依照《中华人民共和国刑事诉讼法》执行监视居住强制措施的情形除外。工厂作为一般的组织单位，并不具备扣押居民身份证的法定权限。
二、违法后果
行政处罚：如果工厂擅自扣押了劳动者的身份证，劳动行政部门将责令其限期退还劳动者的身份证，并可能面临罚款等行政处罚。
民事赔偿：若因身份证被扣押而给劳动者造成损失，劳动者有权要求工厂承担相应的赔偿责任。
刑事责任：在极端情况下，如果工厂的扣押行为构成犯罪，如非法拘禁、侵犯公民个人信息等，还将依法追究刑事责任。
三、员工应对措施
要求返还：劳动者有权要求工厂立即返还被扣押的身份证。
向劳动监察部门投诉：如果工厂拒不归还，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门将依法对工厂进行调查，并责令其限期退还劳动者的身份证。同时，工厂还可能面临相应的处罚。
直接报警：劳动者也可以选择直接报警，由公安机关依法处理工厂的违法行为。公安机关将根据实际情况对工厂进行查处，并保障劳动者的合法权益。
举例说明：
假设某工厂以“方便管理”为由，扣押了新入职员工的身份证。员工在了解相关法律法规后，明确知道工厂的行为是违法的。于是，员工首先要求工厂返还身份证，但工厂拒绝。随后，员工向当地的劳动监察部门投诉，并提供了相关证据。劳动监察部门在调查后，责令工厂限期退还员工的身份证，并对工厂进行了罚款处罚。
总结与建议：
工厂扣押员工身份证是违法的，劳动者应了解自己的权利，并在遭遇此类情况时及时采取措施保护自己的合法权益。通过向劳动监察部门投诉或直接报警等方式，劳动者可以有效地维护自己的身份证件安全和个人权益。同时，建议劳动者在入职前了解相关法律法规，避免陷入不必要的法律纠纷。如果还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。