针对您提出的问题，即在村委会打骂正在值班工作的村干部并造成了轻微伤，司法机关应如何处理，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，无论被打骂的对象是否为村干部，打骂他人并造成轻微伤害都是违法行为，需要承担相应的法律责任。针对您描述的具体情况，处理将涉及多个法律层面，具体如下：
一、民事赔偿方面
自行协商与人民调解：
- 受害者（即村干部）有权要求打骂者就赔偿问题进行协商。赔偿范围通常包括医疗费、误工费、护理费等为治疗和康复支出的合理费用。
- 若协商不成，可请求当地人民调解委员会介入调解，依据相关法律法规和公平原则，促成双方达成赔偿协议。
民事诉讼：
- 若调解无果，受害者有权向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，要求打骂者承担民事侵权责任并赔偿经济损失。在诉讼过程中，受害者需提供充分证据，如医院诊断证明、医疗费用发票等，以支持其主张。
二、治安管理处罚方面
报案与调查：
- 受害者应及时向当地公安机关报案，公安机关将对案件进行详细调查，包括询问双方当事人、收集现场证人证言、监控视频等证据。
治安处罚：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，殴打他人或故意伤害他人身体者，将受到相应的治安处罚。具体来说，将处五日以上十日以下拘留，并处二百元以上五百元以下罚款；情节较轻者，处五日以下拘留或五百元以下罚款。打骂村干部的行为若符合此规定，将受到相应的治安处罚。
三、纪律处分方面（若打骂者为村干部或相关公职人员）
党内纪律处分：
- 若打骂者为党员，其打骂行为违反了党的纪律。党组织将依据《中国共产党纪律处分条例》视情节轻重给予相应的党纪处分，如警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等。
村务管理处理：
- 若打骂者为村干部，村民委员会或相关上级部门可根据村规民约和相关规定，对其进行批评教育、责令公开道歉、暂停职务等处理，以维护村级组织秩序和形象。
四、刑事责任追究（若行为构成犯罪）
- 若打骂行为构成犯罪，如故意伤害罪，打骂者将面临刑事责任的追究。检察机关将提起公诉，由法院依法进行审判。
总结与建议：
在处理此类事件时，应综合考虑民事赔偿、治安管理处罚、纪律处分以及可能的刑事责任追究。受害者应积极配合相关部门调查，并提供充分证据支持自己的主张。同时，建议咨询专业律师的意见，以确保合法权益得到有效维护。对于打骂者而言，应认识到自己的错误行为，积极承担法律责任，并努力改正错误，以避免类似事件的再次发生。