针对原住户起诉周边邻居违法搭建且该搭建已投入使用多年的情况，法院判决需结合具体证据和法律适用综合判定，核心结论取决于搭建行为是否违法及诉讼时效是否中断。以下分情况说明：
1. 若搭建行为违法且诉讼时效未中断
- 违法性认定：邻居搭建行为若违反《城乡规划法》《土地管理法》等规定（如未取得建设工程规划许可证、占用公共区域或超出宅基地范围等），属于违法建设。
- 诉讼时效问题：根据《民法典》第188条，向法院请求保护民事权利的诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起算。若原住户在搭建完成后3年内未主张权利（如未投诉、未起诉），且无诉讼时效中断事由（如邻居承诺拆除、行政机关介入处理等），法院可能以“超过诉讼时效”为由驳回诉求。
- 例外情形：若搭建行为持续存在（如扩建、改建），或原住户能证明在诉讼时效期内曾主张权利（如留存投诉记录、沟通录音等），诉讼时效可重新计算。
2. 若搭建行为违法但诉讼时效中断
- 证据要求：原住户需提供证据证明在诉讼时效期内曾通过合法途径主张权利（如向城管部门投诉、与邻居协商并留存书面记录、发送律师函等）。
- 法院判决方向：若证据充分，法院会认定诉讼时效中断，并进一步审查搭建行为的违法性。若确认违法，法院可能判决邻居限期拆除、恢复原状，并赔偿原住户因搭建导致的损失（如采光、通风受影响，房屋价值贬损等）。
3. 若搭建行为合法或无法认定违法
- 合法性情形：若邻居搭建已取得规划许可、产权证明或符合当地建房政策（如农村宅基地内自建房），则不属于违法建设。
- 法院判决方向：原住户的诉求缺乏法律依据，法院可能驳回起诉或判决驳回诉讼请求。但若搭建行为对原住户造成实际侵害（如噪音、安全隐患），原住户可另案主张相邻权纠纷，要求邻居停止侵害、排除妨碍或赔偿损失。
关键建议
- 收集证据：包括搭建现场照片、视频、规划许可查询记录、投诉记录、沟通记录等，以证明搭建行为的违法性及诉讼时效中断。
- 行政程序优先：可先向当地城管、规划部门举报，要求行政机关查处违法建设。若行政机关作出拆除决定，可作为法院判决的重要依据。
- 及时主张权利：若发现邻居违法搭建，应尽快通过法律途径维权，避免因拖延导致诉讼时效问题。
如有具体证据或案件细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的分析。