结论：农村土地征收时，政府扣押部分款项作为养老金的做法是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
法律框架与养老金性质
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》及相关实施条例，土地征收补偿应包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。这些费用旨在保障被征地农民的基本生活和长远生计。
- 养老金性质：养老金通常属于社会保障范畴，旨在为老年人提供基本生活保障。若政府将土地征收补偿款中的一部分直接作为养老金发放，这实际上是将土地补偿款的一种转化形式，用于社会保障目的。
合法性分析
- 直接扣押的合法性：若政府未经法定程序，直接扣押土地征收补偿款作为养老金，这可能违反了土地管理法中关于补偿款发放的规定。土地征收补偿款应直接发放给被征地农民或其集体经济组织，由农民自主支配。
- 合法转化与发放：若政府通过合法程序，如与被征地农民协商一致，或依据地方性法规、政策，将部分土地补偿款转化为养老金，并设立专门的账户进行管理，确保资金的安全和专款专用，则这种做法可能是合法的。但前提是必须保障被征地农民的知情权、参与权和选择权。
实际操作中的注意事项
- 程序合法性：政府在进行土地征收和养老金转化时，必须遵循法定程序，包括公告、听证、协商等环节，确保被征地农民的合法权益得到保障。
- 资金管理与监督：若政府决定将部分土地补偿款转化为养老金，应设立专门的账户进行管理，并接受相关部门的监督，确保资金的安全和有效使用。
- 农民权益保障：政府应确保被征地农民在养老金转化过程中的知情权、参与权和选择权，不得强制或变相强制农民接受养老金转化方案。
建议与行动
- 了解地方政策：被征地农民应了解当地关于土地征收和养老金转化的具体政策，以便更好地维护自己的合法权益。
- 咨询专业律师：若对政府的做法存在疑问或争议，建议咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的救济途径。
- 参与协商与监督：被征地农民应积极参与土地征收和养老金转化的协商过程，对资金管理和使用情况进行监督，确保自己的权益得到保障。
总结：农村土地征收时，政府扣押部分款项作为养老金的做法是否合法，需根据具体情况判断。关键在于是否遵循了法定程序，是否保障了被征地农民的合法权益，以及资金的管理和使用是否透明、合规。若您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。