结论：房屋征收时是否扣除宅基地，需根据具体的征收补偿方案和地方性法规来确定，不能一概而论地说合法或非法。以下从多个角度进行详细分析：

一、宅基地的性质与征收补偿原则

宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地，其所有权属于农村集体经济组织，村民仅享有使用权。在房屋征收过程中，宅基地的使用权通常也会一并被征收，但补偿方式可能因地区而异。根据《土地管理法》及相关规定，征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。

二、征收补偿方案的内容

1. 房屋补偿：通常包括房屋本身的价值补偿，这是根据房屋的结构、面积、成新度等因素来确定的。
2. 宅基地补偿：宅基地的补偿可能以土地补偿费的形式体现，也可能通过提供新的宅基地或安置房等方式进行补偿。具体补偿方式需依据当地的征收补偿方案来确定。
3. 其他补偿：如搬迁费、临时安置费、停产停业损失等，这些补偿项目旨在弥补因征收给被征收人带来的其他损失。

三、扣除宅基地的合法性分析

1. 若征收补偿方案中明确规定了宅基地的补偿方式，且该方式符合法律法规的规定：例如，通过提供新的宅基地或等值的安置房进行补偿，那么在这种情况下，即使表面上看起来“扣除”了宅基地，但实际上被征收人已经获得了相应的补偿，因此这种做法是合法的。
2. 若征收补偿方案中未明确规定宅基地的补偿方式，或补偿方式明显不合理：例如，仅对房屋进行补偿而忽略了对宅基地的补偿，或者补偿标准过低无法保障被征收人的原有生活水平，那么在这种情况下，“扣除”宅基地的做法就可能是非法的。

四、地方性法规与政策的影响

不同地区可能根据当地的实际情况制定了不同的征收补偿政策和地方性法规。这些政策和法规可能对宅基地的补偿方式、标准等作出具体规定。因此，在判断房屋征收时是否合法扣除宅基地时，还需考虑当地的具体政策和法规。

五、建议与行动

1. 仔细审查征收补偿方案：被征收人应仔细审查当地的征收补偿方案，了解宅基地的补偿方式、标准等具体内容。
2. 咨询专业律师：如有疑问或认为补偿方案不合理，被征收人应及时咨询专业律师，了解自己的权益和可行的维权途径。
3. 依法维权：若认为征收行为侵犯了自己的合法权益，被征收人可以依法通过行政复议、行政诉讼等途径进行维权。

如有任何关于征地拆迁的法律问题，欢迎直接向我咨询。