结论前置：第二轮承包土地登记表中扣除承包面积作为宅基地，其合法性需根据具体情况分析，主要取决于相关法律法规的规定以及当地政府的实际操作是否合规。

详细分析：

1. 法律法规角度：

   • 根据我国《土地管理法》等相关法律法规，农村土地的承包和宅基地的分配应遵循法定的程序和规定。承包地是用于农业生产的土地，而宅基地则是用于农村村民住宅建设的土地，两者在性质和用途上存在明显区别。
   • 法律法规并未明确规定承包面积可以直接扣除转为宅基地，因此，任何将承包面积直接扣除作为宅基地的行为，都需要有明确的法律依据或政府批准文件作为支持。

2. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，如果当地政府或相关部门在第二轮承包土地登记表上扣除了承包面积作为宅基地，并且这一行为得到了相关法律法规的授权或批准，那么这一行为就是合法的。
   • 然而，如果这一行为没有法律依据或未经批准，那么它就是违法的，可能侵犯了农民的土地承包权益。

3. 建议与措施：

   • 对于农民而言，如果发现自己的承包面积被无故扣除作为宅基地，应首先查看相关的法律依据或政府批准文件，确认这一行为的合法性。
   • 如果无法确认其合法性或认为自己的权益受到了侵犯，可以向当地政府部门咨询或投诉，寻求法律援助或法律途径来维护自己的权益。

综上所述，第二轮承包土地登记表中扣除承包面积作为宅基地的合法性需根据具体情况分析。农民在遇到类似问题时，应了解自己的权益和相关的法律法规，采取适当的措施来维护自己的合法权益。