宅基地超出面积收费是否合法，主要取决于当地的法律法规和政策规定。以下从合法与不合法两种情形进行详细分析：
合法收费情形
依据地方规定合理收费：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且其面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。地方政府为了加强宅基地管理、合理利用土地资源，有权出台相关政策对超出规定面积的宅基地进行收费。这些政策需经过合法程序制定，符合上位法规定，并充分考虑当地农村的实际情况和农民的承受能力。
- 实例说明：如某省规定宅基地面积标准为200平方米，农户实际占用250平方米，则当地政府可依据合法政策对超出的50平方米进行收费。
历史遗留问题妥善处理收费：
- 在过去宅基地管理不规范时期，由于历史原因导致的宅基地面积超出标准的情况，地方政府可基于尊重历史、照顾现实的原则，通过合法程序制定相关收费政策。这种收费旨在逐步规范宅基地使用秩序，同时保障农民的既得利益。
- 具体处理：对于因历史因素（如继承房屋、过去宅基地审批标准与现行不同等）导致的宅基地超占，确权时会根据不同历史阶段的政策进行区别处理。如1982年《村镇建房用地管理条例》实施前的宅基地，无论是否超标，均按实际使用面积确权登记，通常不收费；而1982年至1987年《土地管理法》实施期间的超占部分，则可能根据当时政策处理后确权，并可能收取少量费用。
有偿使用制度：
- 部分地区对于不严重影响规划的超占面积，实行有偿使用制度。收费标准差异较大，可能采用阶梯式计费方式，即超出面积越多，单位面积费用越高。例如，超出1-50平方米的部分，每年每平方米收费2-5元；超出51-100平方米的部分，每年每平方米收费5-10元等。
不合法收费情形
无法律政策依据收费：
- 如果地方政府或相关部门在无任何法律法规或合法政策依据的情况下，对宅基地超出面积进行收费，该行为是不合法的。农民有权拒绝缴纳此类不合理费用，并可通过法律途径维护自身权益。
- 实例说明：如某村村委会在无上级政府相关政策文件支持的情况下自行决定收费，则该收费行为缺乏合法性。
违反法定程序收费：
- 即使存在相关政策规定可以对宅基地超出面积收费，但若收费过程中未遵循法定程序（如未提前公示收费标准、收费依据和方式，或存在乱收费、强制收费等行为），也属于违法行为。农民遇此情况可向相关部门反映，要求纠正违法收费行为，并追究相关人员责任。
一般处理原则与建议
- 对于宅基地超出面积的问题，处理方式可能包括罚款、超占部分的有偿使用、拆除超出部分的建筑等，具体以地方政府规定为准。
- 建议：面临此类情况的农民先了解当地的法律法规和政策规定，以便做出正确决策。同时，关注当地政府发布的关于宅基地确权和管理的相关文件和政策，以确保获取最新、最权威的信息指导。
综上所述，宅基地超出面积是否收费取决于当地的法律和政策规定。在处理相关问题时，应充分了解相关法律法规和政策依据，确保自身权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。