结论：村里扣20%征地补偿款是否合法不能一概而论，需结合具体情况判断，以下分情况说明：

1. 若扣除的20%用于村集体公共事业建设且符合法定程序
   根据《土地管理法》第四十九条及《村民委员会组织法》第二十四条，征地补偿款中的“土地补偿费”归村集体所有，但需经村民会议或村民代表会议民主议定程序决定使用方向（如修路、水利等公共设施）。若村里扣除的20%属于土地补偿费部分，且已履行法定表决程序（需过半数村民或村民代表同意），且扣除后剩余补偿款足额发放给被征地农民（包括安置补助费、地上附着物补偿费等），则可能合法。
   法律依据：《土地管理法实施条例》第二十六条明确，土地补偿费归农村集体经济组织所有，但需“用于被征地农民的社会保障、生产生活安置等”。

2. 若扣除的20%缺乏法定依据或程序违法

   • 未履行民主议定程序：若村里未经村民会议或村民代表会议讨论，擅自扣除补偿款，属于程序违法，农民有权要求全额返还。
     
   • 扣除范围超出法定权限：若扣除的20%包含本应直接发放给农民的“安置补助费”或“地上附着物补偿费”（如青苗、房屋等），则属于违法截留，农民可依据《土地管理法》第四十八条主张权利。
     
   • 未公开资金用途：根据《村民委员会组织法》第三十条，村集体经济组织需定期公开征地补偿费的使用情况。若村里未公开扣除款项的具体用途，农民可要求村务公开，并向上级政府反映。

3. 特殊情形：地方性法规的例外规定
   部分省份（如广东、浙江）在《土地管理法实施办法》中细化规定，允许村集体在土地补偿费中提取一定比例（如10%-20%）用于集体公益事业，但需同时满足两个条件：

   • 提取比例不超过省级政府规定的上限；
     
   • 剩余补偿款仍能保障被征地农民原有生活水平不降低。
     若当地有此类规定且符合条件，扣除20%可能合法，但需严格审核比例和用途。

行动建议：

1. 要求村里出示扣除款项的法定依据（如省级政府文件、村民会议决议记录）；
   
2. 核对补偿款发放明细，确认扣除的是土地补偿费还是其他应归农民个人的款项；
   
3. 若发现违法情形，可向乡镇政府或县级自然资源部门申请行政协调，或直接向法院起诉要求返还。
   

如有具体补偿协议或村里通知文件，可进一步提供细节，我会帮您分析合法性。