结论：农民被征收土地时，若未被认定为失地农民却要扣除百分之十的社会保障金，这一做法是否合法，需结合具体情况及当地政策来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、从法律原则角度分析
公平原则：
- 社会保障金的设立，旨在保障被征地农民的基本生活，确保其长远生计有保障。若农民虽被征收土地，但并未完全失去土地（如仍保留部分土地或通过其他方式获得生活保障），且当地政策规定此类情况下需承担一定比例的社会保障金费用，那么从公平原则出发，这一做法可能具有一定的合理性。
- 然而，若农民实际上已失去大部分或全部土地，且未获得相应的补偿或安置，再要求其承担社会保障金费用，则可能违背公平原则。
合法性原则：
- 任何费用的扣除都需有明确的法律依据。若当地政策或相关法规明确规定了非失地农民在土地征收时需承担一定比例的社会保障金费用，且该规定不违反上位法（如《土地管理法》、《社会保险法》等）的原则和精神，那么这一做法可能是合法的。
- 若无法律依据或法律依据不足，则这一做法可能涉嫌违法。
二、从具体政策角度分析
地方政策差异：
- 不同地区对于被征地农民的社会保障政策可能存在差异。有些地区可能规定，无论农民是否完全失去土地，只要其土地被征收，就需按照一定比例承担社会保障金费用。
- 而有些地区则可能根据农民失去土地的比例、家庭收入状况等因素，制定更为细致的社会保障政策。
政策执行与解读：
- 即使当地政策有明确规定，但在执行过程中也可能存在解读差异或执行不到位的情况。例如，政策可能规定非失地农民需承担一定比例的社会保障金费用，但具体比例、计算方式等可能未明确说明，导致执行过程中出现争议。
三、建议与行动
查阅当地政策：
- 农民应首先查阅当地关于被征地农民社会保障的相关政策文件，了解自己是否属于需承担社会保障金费用的范围，以及具体比例和计算方式。
咨询相关部门：
- 若对政策文件存在疑问或不解，农民可咨询当地土地管理部门、社会保障部门或法律援助机构，以获取更准确的解读和指导。
法律途径：
- 若认为自己的权益受到侵害，农民可通过法律途径维护自己的合法权益。例如，向当地人民法院提起行政诉讼，要求撤销或变更相关行政行为。
最后，农民被征收土地时是否需扣除社会保障金，以及扣除的比例和方式，都需根据当地政策和具体情况来判断。若对此存在疑问或争议，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供更为详细和准确的法律建议。