结论：在合同中约定管辖为甲方公司所在地，但甲方实际上是个人而非公司的情况下，该管辖约定可能因主体不适格而被认定为无效或存在争议，具体需结合合同内容、双方意图及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 管辖约定的有效性基础：

   • 管辖约定通常要求双方明确、具体地指定一个有管辖权的法院或地点。在约定“甲方公司所在地”时，隐含的前提是甲方必须是一个公司实体。若甲方实际上是个人，则该约定在字面上存在主体不适格的问题。
   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，管辖协议应当明确、具体，且不得违反级别管辖和专属管辖的规定。若因主体不适格导致管辖约定不明确或无法执行，则可能被视为无效。

2. 双方真实意图的考量：

   • 在判断管辖约定的效力时，法院可能会考虑双方签订合同时的真实意图。如果双方实际上都清楚甲方是个人，但仍在合同中约定“甲方公司所在地”，这可能被视为双方对管辖地的某种默契或特定安排。
   • 然而，这种默契或安排需要足够的证据支持，如双方之前的交易习惯、沟通记录等。若无法提供充分证据，则法院可能更倾向于按照字面意思解释管辖约定。

3. 可能的法律后果与解决方案：

   • 法律后果：若管辖约定被认定为无效，则双方可能需按照法定管辖原则（如被告住所地、合同履行地等）来确定管辖法院。这可能导致诉讼成本增加、诉讼时间延长等不利后果。
   • 解决方案：
     • 重新协商：双方可以重新协商并签订补充协议，明确约定一个双方都认可的管辖地。
     • 诉讼中主张：在诉讼过程中，一方可以主张管辖约定无效，并请求法院按照法定管辖原则确定管辖法院。此时，双方需提供相关证据来支持自己的主张。
     • 预防措施：在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保管辖约定明确、具体且符合法律规定。对于甲方是个人而非公司的情况，应直接约定为“甲方住所地”或类似表述，以避免潜在争议。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果合同中除了管辖约定外，还有其他条款明确表明双方对甲方是个人这一事实有清晰认识，且该管辖约定是双方基于某种特殊考虑（如方便诉讼、降低诉讼成本等）而达成的，则法院在判断时可能会更加谨慎，并倾向于尊重双方的真实意图。
   • 但这种情况下，双方仍需提供充分证据来证明自己的主张，且法院最终判断仍可能因具体案情而异。

建议：在签订合同时，双方应确保管辖约定明确、具体且符合法律规定。对于甲方是个人而非公司的情况，应直接约定为“甲方住所地”或类似表述。若已签订存在争议的管辖约定，建议双方及时协商并签订补充协议以明确管辖地，或咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。