当公司暂停经营时，对于员工的处理是一个涉及多方面权益的问题，需要综合考虑法律法规、劳动合同以及公司的实际情况。以下是一些详细且深入的处理建议：
一、工资支付问题
停工停产期间工资支付：
- 根据《工资支付暂行规定》以及《深圳市员工工资支付条例》等相关法律法规，非因员工原因造成用人单位停工、停产的，在一个工资支付周期内（通常为一个月），用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。
- 超过一个工资支付周期的，若员工提供了正常劳动，则支付给员工的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若员工没有提供正常劳动，公司应按照不低于当地最低工资标准的百分之八十支付劳动者生活费，直至企业复工、复产或者解除劳动关系为止。
欠薪处理：
- 如果公司暂停经营期间欠薪，员工有权向公司主张欠薪及可能的解除劳动合同补偿金。
- 员工可以通过与公司协商、向劳动争议仲裁机关申请仲裁或向人民法院提起诉讼等方式来维护自己的权益。
二、劳动合同处理
协商变更劳动合同：
- 如果公司暂停经营是暂时的，且有可能恢复，公司可以与员工协商变更劳动合同内容，如调整工作时间、工作地点或薪酬等，以适应公司的实际情况。
解除劳动合同：
- 如果公司暂停经营是长期的，且无法恢复，公司可能需要考虑与员工解除劳动合同。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司应提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，可以解除劳动合同。
- 如果公司因生产经营发生严重困难等原因需要裁减人员，应提前三十日向工会或者全体职工说明情况，听取工会或者职工的意见后，裁减人员方案经向劳动行政部门报告，可以裁减人员。
三、员工权益保障
社保缴纳：
- 公司暂停经营期间，应继续为员工缴纳社会保险费，以保障员工的社保权益。
经济补偿：
- 如果公司因暂停经营而与员工解除劳动合同，应根据员工在公司的工作年限和工资水平支付相应的经济补偿。
再就业支持：
- 公司可以提供再就业支持，如提供职业介绍、培训等服务，帮助员工尽快找到新的工作。
四、风险防控与建议
明确沟通：
- 公司应与员工进行明确、及时的沟通，说明暂停经营的原因、期限以及可能对员工产生的影响。
保留证据：
- 员工应保留与公司沟通的相关证据，如邮件、短信、录音等，以备在需要时维护自己的权益。
寻求法律援助：
- 如果员工在处理与公司暂停经营相关的问题时遇到困难，可以寻求法律援助或咨询专业律师的意见。
综上所述，当公司暂停经营时，应综合考虑法律法规、劳动合同以及公司的实际情况来处理员工问题。公司应确保员工的工资支付、社保缴纳等权益得到保障，并与员工进行明确、及时的沟通。员工也应了解自己的权益并采取相应的措施来维护自己的利益。