结论：与公司直签劳动合同，但档案存放在第三方机构，一般情况下仍属于单位正式员工，而非劳务派遣员工。不过，具体还需结合其他因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同签订主体是判断劳动关系的关键
劳动合同签订：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。劳动合同是判断劳动者与用人单位之间是否存在劳动关系的重要依据。若您直接与公司签订劳动合同，这通常意味着您与公司之间建立了直接的劳动关系。
劳务派遣特点：劳务派遣关系中，劳动者与劳务派遣单位签订劳动合同，然后被派遣至用工单位工作。劳务派遣单位是用人单位，与劳动者存在劳动关系；用工单位则是实际使用劳动者的单位，与劳动者之间不存在直接的劳动关系。在您的情况下，由于您直接与公司签订劳动合同，因此不符合劳务派遣的基本特征。
二、档案存放地点不影响劳动关系认定
档案存放：档案存放地点通常不是判断劳动关系的关键因素。虽然档案可能存放在第三方机构，但这并不改变您与公司之间已经通过劳动合同建立的劳动关系。
实际用工情况：判断劳动关系时，还会考虑实际用工情况，如工作安排、工资支付、社保缴纳等。如果您在公司工作，接受公司的管理，由公司支付工资并缴纳社保，那么这些因素都支持您与公司之间存在劳动关系。
三、特殊情况下的判断
名义与实质不符：虽然您直接与公司签订了劳动合同，但如果公司实际上是通过某种方式（如与第三方机构合作）来规避劳动关系，那么这种情况可能涉及名义与实质不符的问题。不过，要证明这一点需要充分的证据支持，如公司内部的文件、沟通记录等。
第三方机构角色：如果第三方机构仅仅是档案存放地，并未参与您的用工管理、工资支付等核心环节，那么它不太可能改变您与公司之间的劳动关系。但如果第三方机构在您的用工过程中扮演了重要角色（如实际支付工资、进行用工管理等），那么可能需要进一步分析其法律地位。
四、建议与风险提示
保留证据：为了维护自己的权益，建议您保留好与公司签订的劳动合同、工资支付记录、社保缴纳记录等证据。这些证据在发生纠纷时将起到关键作用。
咨询专业意见：如果您对劳动关系认定存在疑问或担忧，可以直接向我咨询。我可以根据您的具体情况提供更详细的法律分析和建议。
注意风险：虽然您直接与公司签订了劳动合同，但仍需关注公司是否存在其他可能损害您权益的行为（如未按时支付工资、未缴纳社保等）。如果发现这些问题，应及时采取措施维护自己的权益。