两栋楼中间缝隙的商铺是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 规划与建设合规性：

   • 规划许可：首先，需要查看该商铺的建设是否获得了城市规划部门的许可。如果商铺的建设违反了城市规划，比如未取得建设工程规划许可证或者违反了规划条件，那么该商铺可能属于违法建筑，其合法性将受到质疑。
   • 建设合规：即使商铺的建设获得了规划许可，还需要检查其建设过程是否符合相关建筑法规和标准，如消防安全、建筑结构安全等。如果建设过程中存在违规行为，也可能影响商铺的合法性。

2. 产权归属与登记：

   • 产权清晰：商铺的产权必须清晰明确，没有争议。如果商铺的产权存在纠纷或者未依法进行产权登记，那么其合法性将受到影响。
   • 登记手续：商铺必须依法进行产权登记，取得不动产权证书。只有经过合法登记的商铺，才能受到法律的保护，其合法性才能得到确认。

3. 相邻权与通风采光：

   • 相邻权：两栋楼之间的缝隙商铺，如果其建设或使用影响了相邻建筑物的通风、采光等相邻权，那么可能构成对相邻权人的侵权。在这种情况下，商铺的合法性可能受到挑战。
   • 通风采光：根据相关法律法规，建筑物之间的距离和布局应当满足通风、采光等基本要求。如果商铺的建设导致相邻建筑物无法满足这些要求，那么商铺的合法性可能存在问题。

4. 特殊区域限制：

   • 历史保护区域：如果两栋楼位于历史保护区域内，那么商铺的建设和使用可能受到更严格的限制。在这种情况下，需要查看相关历史保护法规，以确定商铺是否合法。
   • 其他特殊区域：除了历史保护区域外，还可能存在其他特殊区域，如风景名胜区、自然保护区等，这些区域内的商铺建设也可能受到特殊限制。

建议：

• 如果您对两栋楼中间缝隙的商铺的合法性存在疑问，建议您首先查看该商铺的规划许可、建设合规性、产权归属与登记情况等相关文件。
• 同时，您还可以咨询当地城市规划部门、不动产登记中心等相关机构，以获取更准确的信息。
• 如果商铺的建设或使用确实存在违法或侵权行为，您可以依法向相关部门投诉或寻求法律救济。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。