结论：在非耕地的果园修改配套农业设施是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及是否符合土地利用规划、是否办理了相关审批手续以及是否改变了土地用途等因素。以下从不同角度进行分析：

一、土地利用规划与审批手续

1. 符合土地利用规划：

   • 如果果园及其配套农业设施的建设和修改符合当地的土地利用总体规划，且已经办理了相应的审批手续（如建设用地规划许可证、乡村建设规划许可证等），那么这种修改通常是合法的。

2. 不符合土地利用规划或未办理审批手续：

   • 如果果园的修改配套农业设施行为违反了土地利用总体规划，或者未办理相关审批手续，那么这种行为可能构成违法。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。

二、土地用途的改变

1. 未改变土地用途：

   • 如果果园的修改配套农业设施行为并未改变土地的农业用途，例如只是对果园内的灌溉系统、道路等进行了升级或改造，那么这种行为通常不会被视为违法。

2. 改变土地用途：

   • 如果果园的修改配套农业设施行为实际上改变了土地的农业用途，例如将果园改为建设用地用于非农业建设，那么这种行为就是违法的。根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

三、具体建议

1. 咨询当地自然资源主管部门：

   • 在进行果园修改配套农业设施之前，建议先咨询当地自然资源主管部门，了解具体的土地利用规划和审批要求，确保行为合法合规。

2. 办理相关审批手续：

   • 如果修改配套农业设施需要办理审批手续，务必按照要求准备相关材料并提交申请，等待审批结果。

3. 保留相关证据：

   • 在进行果园修改配套农业设施的过程中，建议保留好相关证据，如审批文件、建设合同、支付凭证等，以备不时之需。

后续行动建议：如果您在果园修改配套农业设施过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。